Mega Man X3

Zero, die als onregelmatige jager was teruggekeerd, werd commandant van de Zero Special Forces Unit en zette samen met X, die actief was als commandant van de 17e Elite Eenheid, en andere jagers in de eenheid de strijd voort tegen onregelmatige reploïden. Tegelijkertijd onthulde Dr. Doppler, een wetenschapper-reploid, dat het computersvirus "Sigma Virus" de oorzaak was van de onregelmatigheden, ontwikkelde een speciaal antistoffenvirus en stelde voor dat dit in reploïden zou worden geïnjecteerd. Hierdoor nam het aantal onregelmatigheden af. Bovendien kondigde Dr. Doppler aan dat hij "Doppeltown" zou bouwen, een vredige stad waar mensen en replicanten naast elkaar konden leven, en hij kreeg steun van zowel mensen als replicanten. Enkele maanden later echter, rebelleerden Doppler en zijn reploïden, die blootgesteld waren aan het genoemde antistoffenvirus. De jagers van onregelmatige reploïden erkenden Doppler en de deelnemers aan de rebellie als onregelmatig, en X en Zero kregen de opdracht om actie te ondernemen.