Mega Man X3

Zero, qui était revenu en tant que chasseur irrégulier, devint le commandant de l'Unité Spéciale Zero et continua à éliminer les irréguliers aux côtés de X, actif en tant que commandant de la 17e Unité d'Élite, ainsi que d'autres chasseurs de l'unité. Pendant ce temps, le Dr Doppler, un reploïde de type scientifique, mena des recherches révélant que le virus informatique 'Sigma Virus' était la cause des irrégularités. Il développa un virus anticorps spécial et proposa de l'injecter aux reploïdes. Résultat, le nombre d'irrégularités diminua. De plus, le Dr Doppler annonça qu'il construirait 'Doppeltown', une ville paisible où humains et répliquants pourraient coexister, et obtint le soutien des deux parties. Quelques mois plus tard, cependant, Doppler et ses Reploïdes, exposés au virus anticorps mentionné ci-dessus, se révoltèrent. Les chasseurs d'irréguliers reconnurent Doppler et les participants à la rébellion comme des irréguliers, et X et Zero reçurent l'ordre d'agir.