Mega Man X3

Zero, que havia retornado como um caçador irregular, tornou-se comandante da Zero Special Forces Unit e continuou a limpar irregularidades junto com X, que atuava como comandante da 17th Elite Unit, e outros caçadores da unidade. Ao mesmo tempo, o Dr. Doppler, um reploide do tipo cientista, realizou pesquisas que revelaram que o vírus de computador «Sigma Virus» era a causa das irregularidades, desenvolveu um vírus anticorpo especial e propôs que fosse injetado em reploides. Como resultado, o número de irregularidades diminuiu. Além disso, o Dr. Doppler declarou que construiria a «Doppeltown», uma cidade pacífica onde humanos e replicantes pudessem coexistir, e ganhou o apoio tanto de humanos quanto de replicantes. Alguns meses depois, no entanto, Doppler e seus reploides, que haviam sido expostos ao vírus anticorpo mencionado, se rebelaram. Os Caçadores de Irregularidades reconheceram Doppler e os participantes da rebelião como irregulares, e X e Zero receberam ordens para entrar em ação.