Mega Man Zero 3

Com a Resistência de Ciel, o Zero derrotou o Copy X, governante do Neo Arcadia. O terror do regime Neo Arcadia terminou, mas a escassez de energia continuou a ser um problema constante. Ciel dedicou-se à pesquisa de novas formas de energia, enquanto Elpizo tornou-se o novo líder da Resistência. No entanto, consumido pelo desejo de poder, Elpizo acordou a Elfa Escura, cuja magia quase destruíra o mundo outrora. Elpizo, sedento pelo poder da Elfa Escura, perdeu de vista o seu verdadeiro dever e foi finalmente derrotado após uma feroz batalha. Contudo, a Elfa Escura fugiu, e o seu destino é desconhecido... A batalha pela Elfa Escura tinha apenas começado. Dois meses após os eventos de Mega Man Zero 2, uma nave espacial que recentemente se crashou emite energia semelhante à da Elfa Escura. Zero, Ciel e um par de membros da Resistência partem para investigar. Não muito tempo depois, Ciel e os dois membros da Resistência são capturados pelo Neo Arcadia enquanto Zero entra na nave. No entanto, não são feridos nem mantidos prisioneiros, pois um incidente envolve um Reploid gigante chamado Omega, que nem Leviathan e Fefnir juntos conseguem lidar. Zero interrompe a batalha e fica sozinho para lidar com a situação. Em seguida, é apresentado o Dr. Weil, acompanhado de um Copy X aparentemente ressuscitado, que então reassume o controle do Neo Arcadia, para grande desgosto de Harpuia.