Mega Man Zero 3

Met Ciels verzet versloeg hij Copy X, de heerser van Neo Arcadia. De terreur van het Neo Arcadiaanse regime was voorbij, maar het energietekort bleef een constant probleem. Ciel wijdde zich aan het onderzoek naar nieuwe vormen van energie. Elpizo werd de nieuw benoemde leider van het verzet. Echter, overweldigd door zijn machtzucht, wekte hij de Dark Elf, wiens magie bijna de wereld had vernietigd. Elpizo, dorstend naar de macht van de Dark Elf, verloor zijn ware plicht uit het oog en werd uiteindelijk verslagen na een hevig gevecht. De Dark Elf vluchtte echter, haar bestemming onbekend... De strijd om de Dark Elf had net pas begonnen. Twee maanden na de gebeurtenissen in Mega Man Zero 2 zendt een recent neergestort ruimteschip energie uit die lijkt op die van de Dark Elf. Zero, Ciel en een paar leden van het verzet vertrekken om dit te onderzoeken. Niet lang daarna worden Ciel en de twee leden van het verzet gevangengenomen door Neo Arcadia, terwijl Zero het schip binnenkomt. Echter, ze worden niet gewond of gevangengehouden, want er breekt een incident uit met een reusachtige Reploid genaamd Omega, die zelfs Leviathan en Fefnir samen niet aankunnen. Zero onderbreekt de strijd en moet het zelf opnemen. Kort daarna wordt Dr. Weil geïntroduceerd, vergezeld van een schijnbaar herrezen Copy X, die de leiding over Neo Arcadia weer opneemt, tot grote ergernis van Harpuia.