Mega Man Zero 3

Con la Resistenza di Ciel, Zero ha sconfitto Copy X, il sovrano di Neo Arcadia. Il terrore del regime neo-arcadiano è terminato, ma la carenza di energia rimaneva un problema costante. Ciel si dedicò alla ricerca di nuove forme di energia. Mentre Elpizo divenne il nuovo leader della Resistenza. Tuttavia, sopraffatto dal desiderio di potere, Elpizo risvegliò l'Elfo Oscuro, la cui magia aveva quasi distrutto il mondo in passato. Elpizo, assetato del potere dell'Elfo Oscuro, perse di vista il suo vero dovere e fu infine sconfitto dopo una battaglia feroce. Tuttavia, l'Elfo Oscuro fuggì, con una destinazione ignota... La battaglia per l'Elfo Oscuro aveva appena iniziato. Due mesi dopo gli eventi di Mega Man Zero 2, una nave spaziale recentemente schiantata emette energia simile a quella dell'Elfo Oscuro. Zero, Ciel e una coppia di membri della Resistenza partono per indagare. Non molto dopo l'inizio della missione, Ciel e i due membri della Resistenza vengono catturati da Neo Arcadia mentre Zero entra nella nave. Tuttavia, non vengono feriti né tenuti prigionieri, poiché scoppia un incidente coinvolgente un enorme Reploid chiamato Omega, che neanche Leviathan e Fefnir insieme riescono a gestire. Zero interrompe la battaglia e si ritrova a dover affrontare tutto da solo. Poco dopo viene introdotto il Dott. Weil, con un apparentemente risorto Copy X al seguito, che poi riassume il controllo di Neo Arcadia, a grande disappunto di Harpuia.