Mega Man Zero 3

Con la Resistencia de Ciel, Zero derrotó a Copy X, el gobernante de Neo Arcadia. El terror del régimen Neo Arcadiano terminó, pero la escasez de energía siguió siendo un problema constante. Ciel se dedicó a investigar nuevas formas de energía. Mientras tanto, Elpizo se convirtió en el nuevo líder de la Resistencia. Sin embargo, consumido por su deseo de poder, Elpizo despertó al Elfo Oscuro, cuya magia casi destruyó el mundo en el pasado. Elpizo, sediento del poder del Elfo Oscuro, perdió de vista su verdadero deber y fue derrotado finalmente tras una feroz batalla. No obstante, el Elfo Oscuro huyó, y su destino sigue siendo desconocido... La batalla por el Elfo Oscuro apenas comenzaba. Dos meses después de los eventos de Mega Man Zero 2, una nave espacial que se estrelló recientemente emite energía similar a la del Elfo Oscuro. Zero, Ciel y dos miembros de la Resistencia parten para investigar. Poco después, Ciel y los dos miembros de la Resistencia son capturados por Neo Arcadia mientras Zero entra en la nave. Sin embargo, no son heridos ni retenidos como prisioneros, ya que ocurre un incidente que involucra a un Reploid gigante llamado Omega, al cual ni Leviathan ni Fefnir pueden manejar juntos. Zero interrumpe la batalla y queda solo para resolver el problema. Poco después, se presenta el Dr. Weil, acompañado de un Copy X aparentemente resucitado, quien luego recupera el liderazgo de Neo Arcadia, para el descontento de Harpuia.