Mega Man Zero 3

Avec la Résistance de Ciel, Copy X, le dirigeant de Neo Arcadia, a été vaincu. La terreur du régime néo-arcadien a pris fin, mais la pénurie d'énergie est restée un problème constant. Ciel s'est consacrée à la recherche de nouvelles formes d'énergie, tandis qu'Elpizo a été nommé nouveau chef de la Résistance. Cependant, submergé par sa soif de pouvoir, Elpizo a réveillé l'Elfe Sombre, dont la magie avait autrefois failli détruire le monde. Aveuglé par le désir du pouvoir de l'Elfe Sombre, Elpizo a perdu de vue son véritable devoir et a finalement été vaincu après une bataille acharnée. Pourtant, l'Elfe Sombre a fui, sa destination restant inconnue... La bataille pour l'Elfe Sombre ne faisait que commencer. Deux mois après les événements de Mega Man Zero 2, un vaisseau spatial récemment écrasé émet une énergie similaire à celle de l'Elfe Sombre. Zero, Ciel et deux membres de la Résistance partent enquêter. Peu après le début de la mission, Ciel et les deux membres de la Résistance sont capturés par Neo Arcadia alors que Zero entre dans le vaisseau. Cependant, ils ne sont ni blessés ni détenus en prison, car une altercation éclate impliquant un géant Reploid nommé Omega, que même Leviathan et Fefnir combinés ne peuvent gérer. Zero interrompt le combat et se retrouve à gérer la situation seul. Peu après, le Dr Weil est introduit, accompagné d'un Copy X apparemment ressuscité, qui reprend alors le leadership de Neo Arcadia, au grand dam de Harpuia.