Mega Man Zero 2

Un an s'est écoulé depuis que Zero a vaincu Copy X. Depuis, il a erré dans le désert, défaisant vague après vague de Pantheons. Au début du jeu, Zero traverse péniblement une tempête de sable enveloppé dans une cape déchirée. Alors que la tempête s'apaise, il réalise qu'il est de nouveau poursuivi par des ennemis. Malgré son état de délabrement, avec une armure fissurée et des armes brisées (son bâton et son bouclier sont inutilisables), sa cape est emportée par le vent et il sort son pistolet Buster Shot en défense. Ailleurs, les trois derniers membres des Quatre Gardiens (Phantom s'est autodétruit en tentant d'arrêter l'assaut de Zero sur la Zone X dans le jeu précédent) ont pris le commandement de Neo Arcadia, avec Harpuia à leur tête. La mort de Copy X a été étouffée, car les humains le vénéraient comme leur sauveur. Harpuia quitte Neo Arcadia et tombe sur Zero après sa bataille dans le désert. Elle l'emmène à la nouvelle base de la Résistance, où Zero est réparé et retrouve Ciel et les autres membres de la Résistance, ainsi que leur nouveau commandant, Elpizo. Seul dans son bureau, Ciel informe Zero des changements survenus durant son absence, ainsi que de son objectif ultime de créer un nouveau système d'énergie. Elle lui montre un Baby Elf, qui est la base de ses recherches actuelles.