Mega Man Zero 2

Passou um ano desde que Zero derrotou o Copy X. Desde então, tem andado pelo deserto, derrotando onda após onda de Pantheons. Quando o jogo começa, Zero avança cansado através de uma tempestade de areia envolto num manto rasgado. Quando a areia se acalma, percebe que está sendo perseguido por inimigos novamente. Apesar de estar em mau estado, com armadura rachada e armas quebradas (a sua vara e escudo são inúteis), o seu manto é levado pelo vento e a sua pistola Buster Shot é sacada em defesa. Em outro lugar, os três membros sobreviventes dos Quatro Guardiões (Phantom autodestruiu-se tentando parar o ataque de Zero à Área X no jogo anterior) assumiram o comando do Neo Arcadia, com Harpuia como líder. A morte do Copy X foi encobrida, já que os humanos o veneravam como seu salvador. Harpuia deixa o Neo Arcadia e encontra Zero após a sua batalha no deserto. Ela o leva para a nova Base da Resistência, onde Zero é reparado e reencontrado com Ciel e o resto da Resistência, além de conhecer o seu novo comandante, Elpizo. Sozinha no seu escritório, Ciel conta a Zero sobre as mudanças que ocorreram no ano em que esteve ausente, além de lembrá-lo do seu objetivo final de criar um novo sistema de energia. Ela mostra-lhe um Baby Elf, que é a base da sua atual pesquisa.