Mega Man Zero 2

Ein Jahr ist vergangen, seit Zero Copy X besiegte. Seitdem hat er seine Zeit damit verbracht, in der Wüste Welle um Welle von Pantheons zu bekämpfen. Als das Spiel beginnt, kämpft sich Zero müde durch einen Sandsturm, eingehüllt in einen zerfetzten Umhang. Als der Sturm nachlässt, merkt er, dass er erneut von Feinden verfolgt wird. Trotz seines heruntergekommenen Zustands – mit gesprungenem Rüstungsstück und defekten Waffen (sein Stab und Schild sind nutzlos) – wird sein Umhang vom Wind fortgerissen und er zieht seine Buster Shot-Pistole zur Verteidigung. An anderer Stelle haben die drei überlebenden Mitglieder der Vier Wächter (Phantom zerstörte sich selbst, als er versuchte, Zeros Angriff auf Area X im vorherigen Spiel zu stoppen) das Kommando über Neo Arcadia übernommen, mit Harpuia als Anführerin. Copy Xs Tod wurde vertuscht, da die Menschen ihn als ihren Retter verehrten. Harpuia verlässt Neo Arcadia und trifft auf Zero nach dessen Schlacht in der Wüste. Sie bringt ihn zur neuen Widerstandsbasis, wo Zero repariert wird und sich mit Ciel und den anderen Widerstandskämpfern wiedervereinigt, sowie ihren neuen Kommandanten Elpizo kennenlernt. Allein in ihrem Büro erzählt Ciel Zero von den Veränderungen, die in seiner Abwesenheit stattfanden, und erinnert ihn an ihr ultimatives Ziel, ein neues Energiesystem zu schaffen. Sie zeigt ihm einen Baby Elf, der die Grundlage ihrer aktuellen Forschung darstellt.