Mega Man Zero 2

Ha pasado un año desde que Zero venció a Copy X. Desde entonces, ha estado vagando por el desierto derrotando oleada tras oleada de Pantheons. Cuando el juego comienza, Zero avanza cansado a través de una tormenta de arena envuelto en una capa desgarrada. Cuando la arena se calma, se da cuenta de que está siendo perseguido nuevamente por enemigos. A pesar de su estado deteriorado, con armadura agrietada y armas inservibles (su bastón y escudo son inútiles), su capa es arrastrada por el viento y saca su pistola Buster Shot en defensa. En otro lugar, los tres miembros supervivientes de los Cuatro Guardianes (Phantom se autodestruyó intentando detener el asalto de Zero a la Zona X en el juego anterior) asumieron el mando de Neo Arcadia, con Harpuia como líder. La muerte de Copy X fue encubierta, ya que los humanos lo veneraban como su salvador. Harpuia abandona Neo Arcadia y se encuentra con Zero después de su batalla en el desierto. Lo lleva a la nueva Base de la Resistencia, donde Zero es reparado y reencontrado con Ciel y el resto de la Resistencia, además de conocer a su nuevo comandante, Elpizo. En su oficina, Ciel le cuenta a Zero los cambios ocurridos durante el año que estuvo ausente, así como también le recuerda su objetivo final de crear un nuevo sistema de energía. Le muestra un Baby Elf, que es la base de su investigación actual.