Mega Man Zero 2

Er is een jaar verstreken sinds Zero Copy X versloeg. Sindsdien heeft hij zijn tijd doorgebracht met rondtrekken door de woestijn en het verslaan van golf na golf Pantheons. Wanneer het spel begint, beweegt Zero vermoeid door een zandstorm, gewikkeld in een versleten cape. Nadat de storm is afgenomen, realiseert hij zich dat hij opnieuw wordt achtervolgd door vijanden. Ondanks zijn slechte toestand, met gebarsten pantser en kapotte wapens (zijn staf en schild zijn nutteloos), wordt zijn cape door de wind geworpen en trekt hij zijn Buster Shot-pistool om zich te verdedigen. Ergens anders nemen de drie overgebleven leden van de Vier Wachten (Phantom vernietigde zichzelf in een poging Zero’s aanval op Area X in het vorige spel te stoppen) het commando over Neo Arcadia over, met Harpuia als leider. Copy X’s dood werd verzwegen, omdat de mensen hem als hun redder vereerden. Harpuia verlaat Neo Arcadia en komt Zero tegen na zijn gevecht in de woestijn. Ze brengt hem naar de nieuwe basis van de Weerstand, waar Zero wordt gerepareerd en herenigd wordt met Ciel en de rest van de Weerstand, en ook hun nieuwe commandant Elpizo ontmoet. Alleen in haar kantoor vertelt Ciel Zero over de veranderingen die zijn opgetreden in het jaar dat hij weg was, en herinnert hem aan haar uiteindelijke doel om een nieuw energiesysteem te creëren. Ze toont hem een Baby Elf, die de basis is voor haar huidige onderzoek.