Mega Man X3

Zero, tornato come cacciatore irregolare, divenne comandante dell'Unità Speciale Zero e continuò a raccogliere irregolari insieme a X, attivo come comandante della 17ª Unità Elite, e altri cacciatori dell'unità. Contemporaneamente, il Dottor Doppler, un replicante di tipo scienziato, condusse ricerche che rivelarono che il virus informatico 'Sigma Virus' era la causa delle irregolarità, sviluppò un virus anticorpale speciale e propose che venisse iniettato nei replicanti. Di conseguenza, il numero di irregolarità diminuì. Inoltre, il Dottor Doppler dichiarò che avrebbe costruito la 'Doppeltown', una città pacifica in cui umani e replicanti potessero coesistere, e ottenne il sostegno sia degli umani che dei replicanti. Tuttavia, alcuni mesi dopo, Doppler e i suoi Repliloid, esposti al virus anticorpale menzionato, si ribellarono. I Cacciatori di Irregolari riconobbero Doppler e i partecipanti alla rivolta come irregolari, e a X e Zero fu ordinato di agire.