Mega Man X3

Zero, som återvänt som en oregelbunden jägare, blev befälhavare för den specialiserade Zero-enheten och fortsatte att rensa bort oregelbundna tillsammans med X, som var aktiv som befälhavare för den 17:e elit-enheten, och andra jägare i enheten. Samtidigt genomförde Dr. Doppler, en vetenskaplig reploid, forskning som avslöjade att den datorbaserade virussen "Sigma Virus" var orsaken till oregelbundenheterna, utvecklade en specialiserad antikroppsvirus och föreslog att den skulle injiceras i reploider. Som ett resultat minskade antalet oregelbundenheter. Dessutom deklarerade Dr. Doppler att han skulle bygga "Doppeltown", en fredlig stad där människor och replikanter kunde samexistera, och vann stöd från både människor och replikanter. Några månader senare upprorade dock Doppler och hans reploider, som hade exponerats för den nämnda antikroppsvirussen, och Irreguljära Jägare erkände Doppler och deltagarna i upproret som oregelbundna, varpå X och Zero fick order att gå till handling.