Mega Man X3

Zero, der als unregelmäßiger Jäger zurückgekehrt war, wurde zum Kommandanten der Zero-Spezialeinheit ernannt und setzte gemeinsam mit X, der als Kommandant der 17. Eliteeinheit aktiv war, sowie anderen Jägern der Einheit die Säuberung unregelmäßiger Reploiden fort. Gleichzeitig führte Dr. Doppler, ein wissenschaftlich orientierter Reploide, Forschungen durch, die ergaben, dass der Computervirus 'Sigma-Virus' die Ursache für die Unregelmäßigkeiten war. Er entwickelte einen speziellen Antikörper-Virus und schlug vor, ihn Reploiden zu injizieren. Dadurch sank die Zahl der Unregelmäßigkeiten. Darüber hinaus erklärte Dr. Doppler, dass er 'Doppeltown' bauen werde, eine friedliche Stadt, in der Menschen und Replizienten zusammenleben könnten, und gewann die Unterstützung sowohl von Menschen als auch von Replizienten. Einige Monate später rebellierten jedoch Doppler und seine Reploiden, die dem erwähnten Antikörper-Virus ausgesetzt waren. Die Jäger unregelmäßiger Reploiden erkannten Doppler und die Teilnehmer der Rebellion als unregelmäßig, und X und Zero erhielten den Befehl zum Handeln.