Mega Man X3

Zero, que había regresado como cazador irregular, se convirtió en el comandante de la Unidad Especial Zero y continuó eliminando irregularidades junto a X, quien actuaba como comandante de la 17ª Unidad Elite, y otros cazadores de la unidad. Al mismo tiempo, el Dr. Doppler, un replicante de tipo científico, realizó investigaciones que revelaron que el virus informático «Sigma Virus» era la causa de las irregularidades, desarrolló un virus anticuerpo especial y propuso inyectarlo en los replicantes. Como resultado, el número de irregularidades disminuyó. Además, el Dr. Doppler declaró que construiría «Doppeltown», una ciudad pacífica donde humanos y replicantes pudieran coexistir, y ganó el apoyo tanto de humanos como de replicantes. Sin embargo, unos meses después, Doppler y sus replicantes, que habían estado expuestos al virus anticuerpo mencionado anteriormente, se rebelaron. Los Cazadores de Irregularidades reconocieron a Doppler y a los participantes en la rebelión como irregularidades, y se ordenó a X y Zero que entraran en acción.