Prototype 2

Twee jaar na de gebeurtenissen van het eerste spel keert sergeant James Heller terug uit Irak en ontdekt dat zijn vrouw en dochter zijn verklaard overleden. Hij sluit zich opnieuw aan bij het leger om te vechten tegen het Blacklight-virus in NYZ. Heller krijgt informatie over eerdere uitbraken in Idaho in de jaren '60 en tijdens de gebeurtenissen van het eerste spel. Later vindt hij Mercer en begint hem achterna te zitten. Terwijl hij Mercer achtervolgt voor wraak, wordt Heller geïnfecteerd met een stam die hem vergelijkbare supermenselijke vaardigheden geeft. Na een flauwte ontwaakt hij in een laboratorium in de Yellow Zone, waar Gentek-wetenschapper Dr. Anton Koenig en Blackwatch-colonel Douglas Rooks experimenten met hem uitvoeren. Heller ontsnapt uit de Gentek-basis, waar Mercer hem confronteert en verklaart dat Gentek en Blackwatch verantwoordelijk zijn voor het opnieuw creëren en cultiveren van het Blacklight-virus, waardoor ze verantwoordelijk zijn voor de tweede infectie en de dood van Heller’s familie. Mercer biedt een wapenstilstand aan Heller, die onzeker is over Mercers bedoelingen en daarom advies zoekt bij zijn lokale pastoor, vader Luis Guerra. Met informatie van Guerra hackt Heller Blacknet-terminals om Blackwatch-operaties te saboteren. Langzaam werkt hij zich door Blackwatch heen en confronteert uiteindelijk Koenig, die beweert aan zijn kant te staan en het super-soldatenprogramma van Blackwatch onthult, genaamd Project: Orion. Heller voorkomt dat Project: Orion vordert door een supersoldaat te doden die met zijn DNA is geïnjecteerd. Na een van de hoofdwetenschappers te hebben geconsumeerd, ontdekt Heller dat Koenig hem observeerde om zijn zwakheden te vinden. Woedend over Koenigs verraad, spore Heller hem op, alleen om te ontdekken dat hij vergelijkbare krachten heeft als hij en Mercer, en een van de verschillende 'Evolved'-agenten is die door Mercer in Gentek en Blackwatch zijn geplaatst. Na Koenig te hebben verslagen en geconsumeerd, onthult Mercer aan Heller dat hij hem wil werven om NYZ te controleren. Guerra toont Heller vervolgens een videoband waarop Mercer het virus voor de tweede keer vrijlaat in Penn Station, dezelfde plek waar Mercer het virus oorspronkelijk vrijliet en zelf besmette. Woedend over Mercers bedrog, vertrekt Heller naar de Green Zone om Mercers handlangers te jagen, waaronder een Evolved-agent in Gentek genaamd Sabrina Galloway. Bij het confronteren van Galloway sluit Heller onwillig met haar de handen in toen zij zegt hem te helpen Mercer te verslaan. Met Galloways hulp ontdekt Heller dat Mercer van plan is de hele wereld te infecteren via 'Whitelight', een gecontamineerde vaccin van Gentek dat eigenlijk de infectie en evolutie versnelt in plaats van te voorkomen. Frustré door Hellers saboterende plannen, doodt Mercer vader Guerra. Na het vinden van Guerra’s lijk gebruikt Heller diens telefoon om Athena te bereiken, Guerra’s contact die blijkt Dana Mercer te zijn. Dana onthult dat Hellers dochter Maya nog in leven is, waardoor Heller zich haast naar de Red Zone om Mercer te verslaan en Maya te redden. Na het voorkomen van Blackwatch’ tweede poging om Manhattan te vernietigen, helpt Rooks Heller om bij Maya te komen, maar Galloway verraadt hem en neemt Maya mee naar Mercer. Bij het confronteren van Mercer onthult deze dat hij internationale conflicten en wereldproblemen wil oplossen door de hele mensheid te infecteren, waardoor een Superorganisme ontstaat met Maya als centrum. Na dat Mercer Galloway en de overgebleven Evolved absorbeert, engageren de twee zich in een bloedige tweestrijd, waarbij James uiteindelijk als winnaar tevoorschijn komt en Mercer doodt en consumeert. Vervolgens vernietigt Heller de geïnfecteerden in NYZ en het grootste deel van het Blacklight-virus; met behulp van Mercers geabsorbeerde herinneringen vindt en bevrijdt hij Maya en Dana uit een kooi. Het verhaal eindigt met de drie die over New York kijken, terwijl Dana vraagt wat ze nu moeten doen.