Prototype 2

Dos años después de los eventos del primer juego, el sargento James Heller, tras regresar de una gira en Irak, descubre que su esposa e hija han sido declaradas muertas, lo que lo lleva a reincorporarse al ejército para luchar contra el virus Blacklight en NYZ. Heller es informado sobre los brotes previos en Idaho en los años '60 y en NYZ durante los eventos del primer juego. Más tarde, encuentra a Mercer y comienza a perseguirlo. En su búsqueda de venganza, Heller es infectado por Mercer con una cepa que le otorga habilidades sobrehumanas similares. Tras desmayarse, Heller despierta en un laboratorio de la Zona Amarilla donde científicos de Gentek, el Dr. Anton Koenig y el coronel de Blackwatch Douglas Rooks, experimentan con él. Heller escapa de la base de Gentek cuando Mercer lo confronta y afirma que Gentek y Blackwatch son responsables de recrear y cultivar el virus Blacklight, haciéndolos responsables de la segunda infección y de las muertes de la familia de Heller. Mercer revela sus planes de derribar a Gentek y Blackwatch, ofreciéndole un alto el fuego a Heller. Inseguro de las intenciones de Mercer, Heller va con su pastor local, el padre Luis Guerra, en busca de consejos y ayuda. Usando la información proporcionada por Guerra, Heller hackea terminales Blacknet para descubrir y sabotear varias de sus operaciones. Gradualmente, consumiendo a Blackwatch, Heller finalmente encuentra y confronta a Koenig, quien afirma estar de su lado y revela el programa de supersoldados de Blackwatch, codificado como 'Orion'. Heller detiene el progreso del Proyecto: Orion al matar a un supersoldado que había sido inyectado con su ADN. Tras consumir a uno de los científicos principales, Heller descubre que Koenig lo observaba para encontrar sus debilidades. Enfurecido por la traición de Koenig, Heller lo rastrea solo para descubrir que tiene poderes similares a los suyos y a los de Mercer, y que es uno de varios agentes 'Evolucionados' plantados en Gentek y Blackwatch por Mercer. Tras derrotar y consumir al doctor, Mercer revela a Heller que planea reclutarlo en un intento por controlar NYZ. Las dudas de Heller crecen, y Guerra le muestra un video donde Mercer libera el virus por segunda vez en Penn Station, el mismo lugar donde Mercer lo liberó originalmente y contrajo el virus. Furioso por la traición de Mercer, Heller parte hacia la Zona Verde para cazar a los secuaces de Mercer, incluyendo a un agente Evolucionado en Gentek llamado Sabrina Galloway. Tras confrontarla, Heller se une a ella cuando ella revela que puede ayudarlo a derribar a Mercer. Con la ayuda de Galloway, Heller descubre que Mercer planea infectar al mundo entero a través del 'Whitelight', una vacuna contaminada lanzada por Gentek que, en realidad, acelera la infección y la evolución en lugar de prevenirlas. Frustrado por las sabotajes de Heller, Mercer mata al padre Guerra. Tras encontrar su cuerpo, un Heller afligido usa el teléfono de Guerra para contactar a Athena, el contacto de Guerra, quien resulta ser Dana Mercer. Dana le explica a Heller que su hija, Maya, sigue viva, lo que lo lleva a dirigirse a la Zona Roja para derrotar a Mercer y salvar a Maya. Tras evitar el segundo intento de Blackwatch de arrasar Manhattan, Rooks ayuda a Heller a llegar a su hija, pero Galloway lo traiciona y se lleva a Maya con Mercer. Al confrontar a Mercer, este revela que planea resolver conflictos internacionales y problemas mundiales infectando a toda la raza humana, creando así un Superorganismo con Maya en el centro. Tras que Mercer absorbe a Galloway y a los Evolucionados restantes, ambos se enfrentan en un sangriento duelo, pero James sale victorioso y mata y consume a Mercer. Posteriormente, Heller elimina a los infectados en NYZ junto con la mayor parte del virus Blacklight; luego, usando los recuerdos absorbidos de Mercer, localiza y libera a Maya y Dana de un vault. La historia termina con los tres contemplando Nueva York antes de que Dana se pregunte qué hacer a continuación.