Prototype 2

Deux ans après les événements du premier jeu, le sergent James Heller, de retour d'une mission en Irak, découvre que sa femme et sa fille ont été déclarées mortes. Il réintègre alors l'armée pour combattre le virus Blacklight dans NYZ. Briefé sur les précédentes épidémies en Idaho dans les années 1960 et à NYZ lors du premier jeu, Heller retrouve Mercer et se lance à sa poursuite. Dans sa quête de vengeance, Heller est infecté par Mercer avec une souche lui conférant des capacités surhumaines similaires. Après une perte de connaissance, il se réveille dans un laboratoire de la Zone Jaune où les scientifiques Gentek, le Dr Anton Koenig et le colonel Blackwatch Douglas Rooks, expérimentent sur lui. Heller s'échappe de la base Gentek, mais Mercer l'affronte et révèle que Gentek et Blackwatch sont responsables de la recréation et de la propagation du virus Blacklight, causant la deuxième infection et la mort de la famille de Heller. Mercer propose une trêve à Heller, qui, incertain, se tourne vers son pasteur local, le père Luis Guerra, pour des conseils et de l'aide. Grâce aux informations fournies par Guerra, Heller pirate les terminaux Blacknet pour saboter leurs opérations. Peu à peu, il élimine les membres de Blackwatch et affronte Koenig, qui prétend être de son côté et révèle le programme de super-soldats Blackwatch, codifié « Orion ». Heller empêche la progression du projet Orion en tuant un super-soldat injecté avec son ADN. Après avoir dévoré l'un des scientifiques en chef, Heller découvre que Koenig l'observait pour trouver ses faiblesses. Furieux de cette trahison, Heller le traque et découvre que Koenig possède des pouvoirs similaires aux siens et à ceux de Mercer, étant l'un des agents « Évolués » placés dans Gentek et Blackwatch par Mercer. Après avoir vaincu et dévoré le docteur, Mercer révèle à Heller qu'il compte le recruter pour contrôler NYZ. Les doutes de Heller grandissent lorsque Guerra lui montre une cassette vidéo de Mercer relâchant le virus une seconde fois à Penn Station, le même endroit où Mercer avait initialement libéré et contracté le virus. Enragé par cette trahison, Heller se rend dans la Zone Verte pour traquer les sbires de Mercer, y compris un agent Évolué de Gentek nommé Sabrina Galloway. Après l'avoir confrontée, Heller s'allie à contrecœur avec elle lorsqu'elle révèle qu'elle peut l'aider à abattre Mercer. Avec l'aide de Galloway, Heller découvre que Mercer prévoit d'infecter toute l'humanité via le « Whitelight », un vaccin contaminé distribué par Gentek qui accélère en réalité l'infection et l'évolution plutôt que de les prévenir. Frustré par les sabotages de Heller, Mercer tue le père Guerra. En découvrant son corps, Heller utilise le téléphone de Guerra pour contacter Athéna, la contacte de Guerra, qui s'avère être Dana Mercer. Dana révèle que Maya, la fille de Heller, est toujours vivante, ce qui pousse Heller à se rendre dans la Zone Rouge pour affronter Mercer et sauver Maya. Après avoir empêché la deuxième tentative de Blackwatch de raser Manhattan, Rooks aide Heller à rejoindre sa fille, mais Galloway le trahit et emmène Maya vers Mercer. En confrontant Mercer, celui-ci révèle qu'il compte résoudre les conflits internationaux et les problèmes mondiaux en infectant toute l'humanité, créant ainsi un Superorganisme avec Maya au centre. Après que Mercer ait absorbé Galloway et les Évolués restants, les deux s'affrontent dans un duel sanglant, mais James en sort vainqueur et tue et absorbe Mercer. Ensuite, Heller éradique les infectés de NYZ ainsi que la majeure partie du virus Blacklight. En utilisant les souvenirs absorbés de Mercer, Heller localise et libère Maya et Dana d'un coffre-fort. L'histoire se termine avec les trois surplombant New York alors que Dana se demande quoi faire ensuite.