Prototype 2

Zwei Jahre nach den Ereignissen des ersten Spiels kehrt Sergeant James Heller aus dem Irak zurück und erfährt, dass seine Frau und Tochter für tot erklärt wurden. Daraufhin schließt er sich erneut dem Militär an, um gegen das Blacklight-Virus in NYZ zu kämpfen. Heller wird über frühere Ausbrüche in Idaho in den 1960ern und die Ereignisse des ersten Spiels in NYZ informiert. Später findet er Mercer und beginnt, ihn zu verfolgen. Auf der Suche nach Rache wird Heller von Mercer mit einem Virus infiziert, der ihm ähnliche übermenschliche Fähigkeiten verleiht. Nach einem Blackout erwacht Heller in einem Labor der Gelben Zone, wo der Gentek-Wissenschaftler Dr. Anton Koenig und der Blackwatch-Colonel Douglas Rooks Experimente an ihm durchführen. Heller flieht aus der Gentek-Basis, doch Mercer stellt ihn zur Rede und behauptet, Gentek und Blackwatch seien für die Rekreation und Kultivierung des Blacklight-Virus verantwortlich, was für die zweite Infektion und den Tod von Hellers Familie verantwortlich sei. Mercer bietet Heller einen Waffenstillstand an. Misstrauisch sucht Heller Rat bei seinem Pfarrer, Vater Luis Guerra. Mit den Informationen von Guerra hackt Heller sich in Blacknet-Terminals ein, um deren Operationen zu sabotieren. Langsam arbeitet er sich durch die Reihen von Blackwatch, bis er Koenig stellt, der behauptet, auf seiner Seite zu sein, und das Supersoldatenprogramm von Blackwatch, codenamensweise « Orion », enthüllt. Heller stoppt das Projekt Orion, indem er einen Supersoldaten tötet, der mit seiner DNA infiziert wurde. Nach dem Verzehr eines der leitenden Wissenschaftler entdeckt Heller, dass Koenig ihn beobachtet hat, um seine Schwächen zu finden. Wütend über Koenigs Verrat, jagt Heller ihn auf, nur um festzustellen, dass dieser ähnliche Kräfte wie er und Mercer besitzt und einer der « Evolvierten » ist, die von Mercer in Gentek und Blackwatch platziert wurden. Nach dem Sieg und dem Verzehr des Arztes enthüllt Mercer Heller, dass er ihn rekrutieren will, um NYZ zu kontrollieren. Hellers Zweifel wachsen, als Guerra ihm ein Videoband zeigt, auf dem Mercer das Virus ein zweites Mal in Penn Station freisetzt, demselben Ort, an dem Mercer das Virus ursprünglich freigesetzt und sich selbst infiziert hatte. Wütend über Mercers Täuschung macht sich Heller auf den Weg in die Grüne Zone, um Mercers Handlanger zu jagen, darunter eine Evolvierte in Gentek namens Sabrina Galloway. Nach der Konfrontation mit Galloway schließt sich Heller widerwillig mit ihr zusammen, als sie ihm versichert, ihm bei der Bekämpfung Mercers zu helfen. Mit Galloways Hilfe entdeckt Heller, dass Mercer plant, die gesamte Welt durch « Whitelight » zu infizieren, einen kontaminierten Impfstoff von Gentek, der die Infektion und Evolution beschleunigt, statt sie zu verhindern. Frustriert über Hellers Sabotage, tötet Mercer Pfarrer Guerra. Als Heller dessen Leiche findet, nutzt er Guerras Telefon, um Athene zu kontaktieren, Guerras Ansprechpartnerin, die sich als Dana Mercer entpuppt. Dana enthüllt, dass Hellers Tochter Maya noch am Leben ist, woraufhin Heller sich in die Rote Zone begibt, um Mercer zu stellen und Maya zu retten. Nach dem Scheitern des zweiten Versuchs von Blackwatch, Manhattan zu zerstören, hilft Rooks Heller, zu seiner Tochter zu gelangen, doch Galloway verrät ihn und bringt Maya zu Mercer. Als Heller Mercer gegenübertritt, enthüllt dieser, dass er internationale Konflikte und globale Probleme lösen will, indem er die gesamte Menschheit infiziert und so einen Superorganismus mit Maya als Zentrum schafft. Nach dem Verschmelzen mit Galloway und den verbleibenden Evolvierten kommt es zu einem blutigen Zweikampf zwischen den beiden, den James schließlich für sich entscheidet und Mercer tötet und verschlingt. Anschließend vernichtet Heller die Infizierten in NYZ sowie den Großteil des Blacklight-Virus. Mit den absorbierten Erinnerungen Mercers lokalisiert und befreit Heller Maya und Dana aus einem Tresor. Die Geschichte endet damit, dass die drei über New York blicken, während Dana fragt, was als Nächstes zu tun sei.