Prototype 2

Dois anos após os eventos do jogo original, o Sargento James Heller, após regressar de uma missão no Iraque, descobre que a sua esposa e filha foram declaradas mortas, o que o leva a reingressar no exército para lutar contra o vírus Blacklight em NYZ. Heller é informado sobre os surtos anteriores em Idaho nos anos 60 e em NYZ durante os eventos do primeiro jogo. Mais tarde, encontra Mercer e inicia a sua perseguição. Enquanto persegue Mercer em busca de vingança, Heller é infectado por este com uma cepa que lhe confere habilidades sobre-humanas semelhantes. Após desmaiar, acorda num laboratório da Zona Amarela, onde o cientista da Gentek, Dr. Anton Koenig, e o Coronel Douglas Rooks do Blackwatch realizam experiências com ele. Heller escapa da base da Gentek, quando Mercer o confronta e afirma que a Gentek e o Blackwatch são responsáveis pela recriação e cultivo do vírus Blacklight, sendo assim responsáveis pela segunda infeção e pelas mortes da família de Heller. Mercer revela os seus planos para derrubar a Gentek e o Blackwatch, oferecendo um acordo a Heller. Incerto quanto às intenções de Mercer, Heller vai até ao seu pastor local, Padre Luis Guerra, em busca de conselhos e ajuda. Usando informações fornecidas por Guerra, Heller hackea terminais Blacknet para descobrir e sabotar várias das suas operações. Gradualmente, Heller vai consumindo o Blackwatch, até encontrar e confrontar Koenig, que afirma estar do seu lado e revela o programa de supersoldados do Blackwatch, codinomeado "Orion". Heller impede o progresso do Projeto Orion, matando um supersoldado que fora injetado com o seu DNA. Após consumir um dos cientistas principais, Heller descobre que Koenig o observava para encontrar as suas fraquezas. Furioso com a traição de Koenig, Heller persegue-o, apenas para descobrir que este tem poderes semelhantes aos dele e de Mercer, e é um dos vários agentes "Evolved" infiltrados na Gentek e no Blackwatch por Mercer. Após derrotar e consumir o médico, Mercer revela a Heller que planeia recrutá-lo numa tentativa de controlar NYZ. Com dúvidas crescentes, Guerra mostra a Heller uma fita de vídeo onde Mercer solta o vírus pela segunda vez na Penn Station, o mesmo local onde Mercer originalmente libertou e contraiu o vírus. Furioso com a traição de Mercer, Heller parte para a Zona Verde para caçar os capangas de Mercer, incluindo um agente Evolved na Gentek chamado Sabrina Galloway. Ao confrontar Galloway, Heller reluta em se juntar a ela quando ela revela que pode ajudá-lo a derrubar Mercer. Com a ajuda de Galloway, Heller descobre que Mercer planeia infectar toda a humanidade através do "Whitelight", uma vacina contaminada lançada pela Gentek que, na verdade, acelera a infeção e a evolução em vez de a prevenir. Frustrado com a sabotagem de Heller, Mercer mata o Padre Guerra. Ao encontrar o corpo, um Heller enlutado usa o telefone de Guerra para contactar Atena, o contacto de Guerra, que se revela ser Dana Mercer. Dana explica que a filha de Heller, Maya, ainda está viva, o que leva Heller a dirigir-se para a Zona Vermelha para derrubar Mercer e salvar Maya. Após impedir a segunda tentativa do Blackwatch de arrasar a Ilha de Manhattan, Rooks ajuda Heller a chegar à filha, mas Galloway o traí e leva Maya para Mercer. Ao confrontar Mercer, este revela que planeia resolver conflitos internacionais e problemas mundiais infectando toda a raça humana, criando assim um Superorganismo com Maya no centro. Após Mercer absorver Galloway e os restantes Evolved, os dois envolvem-se numa batalha sangrenta, mas James sai vencedor e mata e consome Mercer. Posteriormente, Heller elimina os infectados em NYZ junto com a maior parte do vírus Blacklight; então, usando as memórias absorvidas por Mercer, Heller localiza e liberta Maya e Dana de um cofre. A história termina com os três a contemplar Nova Iorque antes que Dana questione o que fazer em seguida.