Prototype 2

Två år efter händelserna i originalspelet återvänder Sergeant James Heller från en turné i Irak och upptäcker att hans fru och dotter har förklarats döda. Detta får honom att återvända till militären för att kämpa mot Blacklight-viruset i NYZ. Heller får information om tidigare utbrott i Idaho på 1960-talet och i NYZ under händelserna i det första spelet. Han hittar senare Mercer och börjar jaga honom. Under jakten blir Heller smittad av Mercer med en variant som ger honom liknande övermänskliga förmågor. Efter att ha förlorat medvetandet vaknar Heller i ett Yellow Zone-laboratorium där Gentek-vetenskapen Dr. Anton Koenig och Blackwatch-koloneln Douglas Rooks experimenterar på honom. Heller flyr från Gentek-basen när Mercer konfronterar honom och påstår att Gentek och Blackwatch är ansvariga för att återskapa och odla Blacklight-viruset, vilket gör dem ansvariga för den andra smittan och dödandet av Hellers familj. Mercer avslöjar sina planer att ta ner Gentek och Blackwatch och erbjuder en vapenstillestånd till Heller. Osäker på Mercers avsikter vänder sig Heller till sin lokala präst, Fader Luis Guerra, för råd och hjälp. Med information från Guerra hackar Heller sig in i Blacknet-terminaler för att ta reda på och saboterar ett antal av deras operationer. Gradvis förstör Heller Blackwatch och hittar till slut Koenig, som påstår sig vara på hans sida och avslöjar Blackwatch super-soldatprogram, kodnamnet "Orion". Heller stoppar Projekt: Orion genom att döda en super-soldat som injicerats med hans DNA. Efter att ha konsumerat en av de ledande forskarna upptäcker Heller att Koenig observerat honom för att hitta hans svagheter. Upprörd över Koenigs förräderi spårar Heller upp honom, bara för att upptäcka att han har liknande krafter som han och Mercer, och är en av flera "Evolverade" agenter som placerats i Gentek och Blackwatch av Mercer. Efter att ha besegrat och konsumerat doktorn avslöjar Mercer för Heller att han avser att rekrytera honom i ett försök att kontrollera NYZ. Med ökande tvivel visar Guerra Heller en videoband där Mercer släpper viruset för andra gången på Penn Station, samma plats där Mercer ursprungligen släppte och smittades av viruset. Upprörd över Mercers bedrägeri ger sig Heller av till Green Zone för att jaga Mercers hantlangare, inklusive en Evolverad agent i Gentek vid namn Sabrina Galloway. När han konfronterar Galloway tvingas Heller ovilligt att samarbeta med henne när hon avslöjar att hon kan hjälpa honom att ta ner Mercer. Med Galloways hjälp upptäcker Heller snart att Mercer planerar att smitta hela världen genom "Whitelight", en kontaminerad vaccin som släpps av Gentek och som egentligen accelererar infektionen och evolutionen istället för att förhindra den. Frustrerad över att Heller saboterar hans planer dödar Mercer Fader Guerra. När Heller hittar hans kropp använder han Guerra's telefon för att nå Athena, Guerra's kontakt som avslöjas vara Dana Mercer. Dana förklarar att Hellers dotter, Maya, fortfarande är vid liv, vilket får Heller att ge sig av till Red Zone för att ta ner Mercer och rädda Maya. Efter att ha stoppat Blackwatch andra försök att jämna Manhattan Island hjälper Rooks Heller att nå sin dotter, men Galloway förråder honom och tar Maya till Mercer. När Heller konfronterar Mercer avslöjar denne att han planerar att lösa internationella konflikter och världens problem genom att smitta hela den mänskliga rasen, vilket effektivt skapar en Superorganism med Maya i centrum. Efter att Mercer absorberat Galloway och de återstående Evolverade engagerar sig de två i en blodig duell, men James kommer fram som segrare och dödar och konsumerar Mercer. Därefter utplånar Heller de smittade i NYZ tillsammans med det mesta av Blacklight-viruset. Med hjälp av Mercers absorberade minnen lokaliserar och befriar Heller Maya och Dana från ett förråd. Historien avslutas med att de tre tittar över New York innan Dana frågar vad de ska göra härnäst.