Prototype

Spelet följer Alexander J. Mercer (röst av Barry Pepper) som vaknar i ett obduktionsrum i källaren på Gentek, ett genetiskt ingenjörsföretag baserat i Manhattan. Han skräcker upp två forskare som precis ska genomföra en obduktion och flyr. Alex blir vittne till hur forskarna skjuts ihjäl av militärpersonal. När han upptäcks och attackeras överlever han skott i bröstet och hoppar över en mur för att komma i säkerhet. Han upptäcker snart att han nu besitter kraftfulla förmågor som formförändring, övermänsklig styrka, hastighet, smidighet, uthållighet, sinnen, vapen och förmågan att "förtära" människor för att få deras minnen, färdigheter och utseende. Utan minnen från sitt tidigare liv bestämmer sig Alex för att hitta och förtära de som är involverade i konspirationen för att avslöja sanningen. Under sin resa står han inför två fraktioner: USA:s marinkår och Blackwatch, en specialstyrka från Fort Detrick som är dedikerad till att bekämpa biologiska vapen; samt de Infekterade, monster skapade av viruset BLACKLIGHT som härjar Manhattan. Kapten Robert Cross (röst av Jeffrey Pierce), en officer inom Blackwatch, får order att hitta och neutralisera Alex. Alex kommer i kontakt med sin syster, Dana (röst av Lake Bell), som hjälper honom att spåra mål, vilket leder till infiltrationen av Genteks huvudkontor. Han hittar en ung kvinna vid namn Elizabeth Greene som hålls fången i byggnaden. Greene är en värd för BLACKLIGHT och när hon flyr släpper hon loss viruset över Manhattan. Dana leder Alex till Karen Parker, hans ex-flickvän. Hon lovar att hjälpa honom att stoppa viruset, men kräver att han tar med sig prover av viruset. Karen leder senare Alex in i en fälla där han konfronteras av Cross. Under deras strid är Alex nära att besegra Cross när Cross nämner 'Penn Station', vilket utlöser en minnesflashback som får Alex att bli förvirrad. Alex injiceras med en parasit som hotar att döda honom. Alex söker hjälp av Dr. Ragland, en patolog kopplad till Gentek. Ragland hjälper Alex att ta bort parasiten och omvandla den till ett vapen mot Greene. Dock har det ingen effekt på Greene eftersom hennes kropp omedelbart avstötte parasiten, och den avvisade biomassa bildar ett monstert, Supreme Hunter, som Alex dödar. Ursprunget till viruset och Elizabeth Greene avslöjas genom en kontakt: År 1969 testade regeringen en föregångare till viruset i Hope, Idaho, designad för att rikta in sig på förutbestämda raser. Viruset muterade till något mycket dödligare, och hela befolkningen blev smittad. Elizabeth Greene var den enda överlevaren; en anomali i hennes kroppsbiologi accepterade viruset och omskrev hennes genetiska kod tillsammans med den för hennes ofödda son, kodnamnet PARIAH. Resten av befolkningen i Hope, Idaho, utplånades av Blackwatch. Greene och PARIAH hölls fångna för vidare forskning. Alex upptäcker sin egen bakgrund: Blackwatch stängde av Gentek-projektet på grund av läckor och beordrade att alla projektpersonalen skulle elimineras. Alex Mercer tog en prov av BLACKLIGHT som "säkerhetskopia". Till slut blev han inlåst av Blackwatch på Penn Station. Alex, i ett sista desperat och hämndlystet ögonblick, krossar flaskan med BLACKLIGHT, släpper loss viruset innan han skjuts ihjäl. Viruset tränger in i Mercers blodbanor genom skottkulan och reparerar hans kropp på cellulär nivå. Kontakten och Alex pumpade en ny biologisk agent, "BLOODTOX", under marken för att driva viruset upp till ytan där det kunde bekämpas direkt, vilket fick Greene att dyka upp, innesluten i en jättelik monstrositet. När Greene besegras faller hon ner i mänsklig form och förtärs av Alex. Genom hennes minnen blir det uppenbart att General Randall, chef för Blackwatch, är beredd att förstöra Manhattan med en kärnvapen. Kontakten, som avslöjas vara Cross, hjälper Alex att infiltrera USS Ronald Reagan för att stoppa Randall. När Alex förtär Randall avslöjas Cross vara Supreme Hunter, som antog Cross identitet efter att ha förtärt honom, och attackerar Alex. Han hävdar att när Blackwatch lämnar New York de inte längre kommer att söka efter smittade, och att när han förtär Alex kommer han att vara stark nog att överleva kärnvapnets detonation. Alex besegrar Supreme Hunter och flyttar vapnet ut i Atlanten med en helikopter, där det detoneras och fångar upp honom i explosionen. Hans rester flyter tillbaka till staden och regenereras efter att ha förtärt en kråka. Under eftertexterna avslöjas det att allmänheten anser att militären var den som stoppade smittan; en amerikansk senator hörs säga till media att händelserna i Manhattan var ett fall av kärn- och biologisk terrorism, och lovar hämnd på de ansvariga. Alex, som reflekterar över de händelser som ägt rum och sanningen han upptäckt om sig själv, säger att han "har blivit något mindre än människa, men också något mer". Efter eftertexterna visas Manhattan långsamt återhämta sig, viruset har nästan helt utrotats. Alex, stående på toppen av Reuters Building i Times Square, kommenterar att hans arbete nästan är klart.