Prototype

Il gioco segue Alexander J. Mercer (doppiato da Barry Pepper), che si risveglia in una morgue sotterranea della Gentek, un'azienda di ingegneria genetica con sede a Manhattan, spaventando una coppia di scienziati pronti a eseguire un'autopsia. Alex fugge e assiste all'uccisione dei due scienziati da parte di operativi militari. Scoperto e attaccato, sopravvive a colpi di arma da fuoco al petto e balza oltre un muro per mettersi in salvo. Pronto scopre di possedere potenti abilità metamorfiche, forza, velocità, agilità, resistenza, sensi sovrumani, resistenza e la capacità di 'assorbire' persone per acquisirne memoria, abilità e aspetto. Senza ricordi del suo passato, Alex decide di consumare coloro legati alla cospirazione per scoprire la verità. Durante la sua missione, affronta due fazioni: il Corpo dei Marines degli Stati Uniti e Blackwatch, un'unità specializzata di Fort Detrick dedicata alla lotta contro la guerra biologica; e gli Infetti, mostri creati dal virus BLACKLIGHT che sta sopraffacendo Manhattan. Il Capitano Robert Cross (doppiato da Jeffrey Pierce), ufficiale di Blackwatch, riceve l'ordine di trovare e contenere Alex. Alex entra in contatto con sua sorella, Dana (doppiata da Lake Bell), che lo aiuta a tracciare i bersagli, portando all'infiltrazione del quartier generale della Gentek. Qui trova una giovane donna di nome Elizabeth Greene, tenuta prigioniera nell'edificio. Greene è un ospite del BLACKLIGHT e, una volta fuggita, lo libera su Manhattan. Dana indirizza Alex da Karen Parker, la sua ex ragazza. Lei accetta di aiutarlo a fermare il virus, chiedendo in cambio campioni del virus stesso. Karen lo porta poi in una trappola, dove Alex affronta Cross. Durante il combattimento, Alex sta quasi per sconfiggere Cross quando questi menziona 'Penn Station', scatenando un flashback che lo lascia disorientato. Alex viene iniettato con un parassita che minaccia di ucciderlo. Cerca aiuto dal dottor Ragland, un patologo legato alla Gentek. Ragland lo aiuta a rimuovere il parassita e a trasformarlo in un'arma contro Greene. Tuttavia, non ha effetto su di lei, poiché il suo corpo respinge immediatamente il parassita, e la biomassa respinta forma un mostruoso essere, il Cacciatore Supremo, che Alex uccide. Le origini del virus e di Elizabeth Greene vengono svelate attraverso un contatto: nel 1969 il governo testò un predecessore del virus a Hope, Idaho, progettato per colpire razze predeterminate. Il virus mutò in qualcosa di molto più letale, e tutta la popolazione fu infettata. Elizabeth Greene fu l'unica sopravvissuta; un'anomalia nella sua biologia accettò il virus, riscrivendone il codice genetico insieme a quello del figlio non ancora nato, in codice PARIAH. Il resto della popolazione di Hope, Idaho, fu eliminata da Blackwatch. Greene e PARIAH furono tenuti in cattività per ulteriori ricerche. Alex scopre il suo passato: Blackwatch chiuse il progetto Gentek a causa di perdite e ordinò l'eliminazione di tutto il personale. Alex Mercer prese un campione di BLACKLIGHT come 'assicurazione'. Alla fine braccato a Penn Station, Alex, in un atto di disperazione e vendetta, frantuma la fiala contenente il BLACKLIGHT, rilasciando il virus prima di essere ucciso a colpi d'arma da fuoco. Il virus entra nel suo flusso sanguigno attraverso le ferite da proiettile e ripara il suo corpo a livello cellulare. Il contatto e Alex iniettano un nuovo agente biologico, il 'BLOODTOX', sottoterra per spingere il virus in superficie dove può essere combattuto direttamente, causando l'emergere di Greene, incapsulata in una mostruosa creatura. Dopo la sconfitta, Greene cade dalla creatura in forma umana e viene consumata da Alex. Attraverso i suoi ricordi, emerge che il Generale Randall, capo di Blackwatch, è pronto a distruggere Manhattan con un'arma nucleare. Il contatto, rivelatosi essere Cross, aiuta Alex a infiltrarsi nella USS Ronald Reagan per fermare Randall. Dopo aver consumato Randall, Cross si rivela essere il Cacciatore Supremo, che aveva assunto la sua identità dopo averlo consumato, e attacca Alex, affermando che, una volta che Blackwatch lascerà New York, non cercheranno più gli infetti, e che, dopo aver consumato Alex, sarà abbastanza forte da sopravvivere alla detonazione nucleare. Alex sconfigge il Cacciatore Supremo e sposta l'arma nell'Oceano Atlantico con un elicottero, dove esplode e lo colpisce nell'esplosione. I suoi resti tornano in città e si rigenerano dopo aver consumato un corvo. Durante i titoli di coda, si scopre che il pubblico considera l'esercito responsabile dell'aver fermato l'infezione; un senatore statunitense viene sentito dire ai media che gli eventi a Manhattan sono stati un caso di terrorismo nucleare e biologico, e promette ritorsione contro i responsabili. Alex, riflettendo sugli eventi e sulle verità scoperte su se stesso, afferma di essere 'diventato qualcosa di meno umano, ma anche qualcosa di più'. Dopo i titoli di coda, Manhattan viene mostrata mentre si sta lentamente riprendendo, il virus è stato quasi completamente eradicato. Alex, in piedi sulla cima del Reuters Building a Times Square, commenta che il suo lavoro è quasi concluso.