Prototype

Het spel volgt Alexander J. Mercer (ingesproken door Barry Pepper), die ontwaakt in een mortuarium in de kelder van Gentek, een genetisch ingenieursbedrijf gevestigd in Manhattan. Hij jaagt twee wetenschappers op die net een autopsie wilden uitvoeren. Alex ontsnapt en ziet hoe de wetenschappers neergeschoten worden door militaire operaties. Hij wordt ontdekt en aangevallen, maar overleeft kogels in zijn borst en springt over een muur om in veiligheid te komen. Hij ontdekt dat hij nu krachtige vermogens heeft, zoals vormverandering, bovenmenselijke kracht, snelheid, wendbaarheid, duurzaamheid, zintuigen, uithoudingsvermogen, wapens en de mogelijkheid om mensen te 'consumeren' om hun herinneringen, vaardigheden en uiterlijk over te nemen. Met geen enkel geheugen van zijn vorige leven besluit Alex die betrokken zijn bij het complot te vinden en te consumeren om de waarheid te ontdekken. Tijdens zijn zoektocht komt hij twee facties tegen: het Amerikaanse Marine Corps en Blackwatch, een speciale eenheid van Fort Detrick die zich bezighoudt met biologische oorlogvoering, en de Geïnfecteerden, monsters gecreëerd door een virus genaamd BLACKLIGHT dat Manhattan overneemt. Kapitein Robert Cross (ingesproken door Jeffrey Pierce), een Blackwatch-officier, krijgt de opdracht om Alex te vinden en te neutraliseren. Alex neemt contact op met zijn zus Dana (ingesproken door Lake Bell), die hem helpt bij het opsporen van doelwitten, wat leidt tot de infiltratie van het hoofdkwartier van Gentek. Hij vindt een jonge vrouw genaamd Elizabeth Greene die in het gebouw vastgehouden wordt. Greene is een gastheer voor BLACKLIGHT en bij haar ontsnapping zet ze het virus vrij op Manhattan. Dana leidt Alex naar Karen Parker, zijn ex-vriendin. Zij stemt ermee in om hem te helpen het virus te stoppen, maar stelt als voorwaarde dat Alex monsters van het virus meeneemt. Later leidt Karen Alex in een val, waar hij geconfronteerd wordt met Cross. Tijdens hun gevecht staat Alex op het punt Cross te verslaan, totdat Cross 'Penn Station' vermeldt, wat een flashback uitlokt die Alex in verwarring brengt. Alex wordt geïnjecteerd met een parasiet die hem dreigt te doden. Hij zoekt hulp bij Dr. Ragland, een patholoog verbonden aan Gentek. Ragland helpt Alex de parasiet te verwijderen en er een wapen van te maken tegen Greene. Het heeft echter geen effect op Greene, omdat haar lichaam de parasiet direct afstoot, en de afgestoten biomassa vormt een monstere wezen, de Supreme Hunter, die Alex doodt. De oorsprong van het virus en Elizabeth Greene wordt onthuld via een contactpersoon: in 1969 testte de regering een voorloper van het virus in Hope, Idaho, ontworpen om vooraf bepaalde rassen te beïnvloeden. Het virus mutaat tot iets veel dodelijker, en de hele bevolking werd geïnfecteerd. Elizabeth Greene was de enige overlevende; een anomalie in haar lichaamsbiologie nam het virus aan, herschreef haar genetische code, evenals die van haar ongeboren zoon, codenaam PARIAH. De overige bevolking van Hope, Idaho, werd uitgeschakeld door Blackwatch. Greene en PARIAH werden gevangengehouden voor verdere onderzoek. Alex ontdekt zijn eigen verleden: Blackwatch stopte het Gentek-project vanwege lekken en beval alle projectpersoneel te elimineren. Alex Mercer nam een monster van BLACKLIGHT mee als 'verzekering'. Uiteindelijk werd hij in Penn Station in een hoek gedreven door Blackwatch. Alex, in een laatste daad van wanhoop en wraak, smijt het flesje met BLACKLIGHT, waardoor het virus vrijkomt voordat hij neergeschoten wordt. Het virus dringt via de kogelwonden in zijn bloedbaan en herstelt zijn lichaam op cellulair niveau. Het contact en Alex pompen een nieuw biologisch agens, 'BLOODTOX', ondergronds om het virus bovengronds te drijven waar het direct kan worden bestreden, waardoor Greene verschijnt, omhuld door een reusachtig monstergestalt. Greene valt uit het monster in menselijke gedaante nadat ze verslagen is, en wordt geconsumeerd door Alex. Door haar herinneringen wordt duidelijk dat generaal Randall, hoofd van Blackwatch, van plan is Manhattan te vernietigen met een kernwapen. Het contact, die zich blijkt te zijn als Cross, helpt Alex om het USS Ronald Reagan binnen te dringen om Randall te stoppen. Nadat Alex Randall geconsumeerd heeft, blijkt Cross de Supreme Hunter te zijn, die Cross' identiteit aannam na hem te hebben geconsumeerd, en valt Alex aan, bewerend dat Blackwatch Manhattan zal verlaten en niet langer op zoek zal zijn naar geïnfecteerden, en dat hij, nadat hij Alex geconsumeerd heeft, sterk genoeg zal zijn om de nucleaire detonatie te overleven. Alex verslaat de Supreme Hunter en verplaatst het wapen naar de Atlantische Oceaan met een helikopter, waar het ontploft en hem in de explosie treft. Zijn resten drijven terug naar de stad en regenereren nadat hij een kraai geconsumeerd heeft. Tijdens de aftiteling wordt onthuld dat het publiek denkt dat het leger de infectie heeft gestopt; een Amerikaanse senator wordt gehoord die de media vertelt dat de gebeurtenissen in Manhattan een geval van nucleaire en biologische terrorisme waren, en belooft wraak te nemen op de verantwoordelijken. Alex, die terugdenkt aan de gebeurtenissen en de waarheid over zichzelf, claimt dat hij 'iets minder menselijk, maar ook iets groters' is geworden. Na de aftiteling wordt Manhattan getoond dat langzaam herstelt, het virus is bijna volledig uitgeroeid. Alex, staand op het dak van het Reuters Building in Times Square, merkt op dat zijn werk bijna gedaan is.