Prototype

Das Spiel folgt Alexander J. Mercer (gesprochen von Barry Pepper), der in einer Leichenhalle im Keller von Gentek, einem auf Gentechnik spezialisierten Unternehmen in Manhattan, aufwacht und zwei Wissenschaftler, die gerade eine Obduktion durchführen wollten, in die Flucht schlägt. Alex entkommt, wird jedoch Zeuge, wie die Wissenschaftler von Militärangehörigen erschossen werden. Er wird entdeckt und angegriffen, überlebt jedoch Schüsse in die Brust und springt über eine Mauer in Sicherheit. Bald stellt er fest, dass er nun über mächtige Fähigkeiten verfügt: Gestaltwandlung, übermenschliche Kraft, Geschwindigkeit, Geschicklichkeit, Ausdauer, Waffenfähigkeiten und die Fähigkeit, Menschen zu 'verspeisen', um deren Erinnerungen, Fähigkeiten und Erscheinung zu übernehmen. Da er sich an sein früheres Leben nicht erinnert, beschließt Alex, die mit der Verschwörung verbundenen Personen aufzuspüren und zu absorbieren, um die Wahrheit ans Licht zu bringen. Im Laufe seiner Mission steht er zwei Fraktionen gegenüber: den United States Marine Corps und Blackwatch, einer Spezialeinheit des Fort Detrick, die sich auf den Kampf gegen biologische Kriegsführung spezialisiert hat, sowie den Infizierten, Monstern, die durch das Virus BLACKLIGHT geschaffen wurden und Manhattan überrennen. Captain Robert Cross (gesprochen von Jeffrey Pierce), ein Offizier von Blackwatch, erhält den Befehl, Alex zu finden und einzuschränken. Alex nimmt Kontakt zu seiner Schwester Dana (gesprochen von Lake Bell) auf, die ihm hilft, Ziele ausfindig zu machen, was zur Infiltration des Gentek-Hauptquartiers führt. Dort entdeckt er eine junge Frau namens Elizabeth Greene, die in dem Gebäude festgehalten wird. Greene ist ein Wirt für BLACKLIGHT, und bei ihrer Flucht setzt sie das Virus in Manhattan frei. Dana leitet Alex zu Karen Parker, seiner Ex-Freundin, weiter. Diese stimmt zu, ihm beim Stoppen des Virus zu helfen, verlangt jedoch, dass Alex Proben des Virus mitbringt. Später lockt Karen Alex in eine Falle, wo er Cross gegenübersteht. Während ihres Kampfes steht Alex kurz davor, Cross zu besiegen, als dieser das Wort 'Penn Station' erwähnt, was einen Rückblende auslöst und Alex benommen zurücklässt. Alex wird mit einem Parasiten infiziert, der ihn zu töten droht. Er sucht die Hilfe von Dr. Ragland, einem Pathologen, der mit Gentek verbunden ist. Ragland hilft Alex, den Parasiten zu entfernen und daraus eine Waffe gegen Greene zu machen. Allerdings hat der Parasit keine Wirkung auf Greene, da ihr Körper ihn sofort abweist, und die abgestoßene Biomasse bildet ein monströses Wesen, den Supreme Hunter, den Alex tötet. Über einen Kontakt werden die Ursprünge des Virus und Elizabeth Greenes enthüllt: 1969 testete die Regierung einen Vorläufer des Virus in Hope, Idaho, der darauf ausgelegt war, bestimmte Rassen zu treffen. Das Virus mutierte zu etwas viel Gefährlicherem, und die gesamte Bevölkerung wurde infiziert. Elizabeth Greene war die einzige Überlebende; eine Anomalie in ihrer Biologie akzeptierte das Virus und veränderte ihren genetischen Code sowie den ihres ungeborenen Sohnes, der den Codenamen PARIAH erhielt. Der Rest der Bevölkerung von Hope, Idaho wurde von Blackwatch ausgelöscht. Greene und PARIAH wurden für weitere Forschungen in Gefangenschaft gehalten. Alex entdeckt seine eigene Vergangenheit: Blackwatch beendete das Gentek-Projekt aufgrund von Lecks und befahl die Eliminierung aller Projektmitarbeiter. Alex Mercer nahm eine Probe von BLACKLIGHT als 'Versicherung' mit. Schließlich in Penn Station eingekreist, zerstört Alex in einem letzten Akt der Verzweiflung und Rache das Fläschchen mit BLACKLIGHT, setzt das Virus frei und wird anschließend erschossen. Das Virus dringt durch die Schusswunden in seinen Blutkreislauf ein und repariert seinen Körper auf zellulärer Ebene. Alex und sein Kontakt pumpen ein neues biologisches Agens, den « BLOODTOX », in die Kanalisation, um das Virus an die Oberfläche zu treiben, wo es direkt bekämpft werden kann, was dazu führt, dass Greene in einer gewaltigen Monstrosität erscheint. Nach ihrer Niederlage fällt Greene in menschlicher Form aus der Kreatur und wird von Alex absorbiert. Durch ihre Erinnerungen wird deutlich, dass General Randall, der Chef von Blackwatch, plant, Manhattan mit einer Nuklearwaffe zu zerstören. Der Kontakt, der sich als Cross entpuppt, hilft Alex, das Schiff USS Ronald Reagan zu infiltrieren, um Randall zu stoppen. Nach dem Absorbieren von Randall enthüllt sich Cross als der Supreme Hunter, der Cross’ Identität nach dessen Absorption angenommen hat, und greift Alex an. Er behauptet, dass Blackwatch nach dem Verlassen von New York nicht mehr nach Infizierten suchen werde, und dass er nach dem Absorbieren von Alex stark genug sein werde, um die nukleare Detonation zu überleben. Alex besiegt den Supreme Hunter und bringt die Waffe mit einem Helikopter in den Atlantik, wo sie explodiert und ihn trifft. Seine Überreste treiben zurück in die Stadt und regenerieren sich, nachdem er eine Krähe absorbiert hat. Während der Abspann wird enthüllt, dass die Öffentlichkeit glaubt, das Militär habe die Infektion gestoppt; ein US-Senator erklärt den Medien, die Ereignisse in Manhattan seien ein Fall von nuklearem und biologischem Terrorismus, und verspricht Vergeltung für die Verantwortlichen. Alex, der über die Ereignisse und die Wahrheiten nachdenkt, die er über sich selbst entdeckt hat, sagt, er sei « zu etwas weniger Menschlichem, aber auch zu etwas Größerem geworden ». Nach dem Abspann sieht man, wie sich Manhattan langsam erholt, das Virus fast vollständig ausgerottet ist. Alex, der auf dem Dach des Reuters Building in Times Square steht, kommentiert, dass seine Arbeit fast erledigt sei.