Prototype

El juego sigue la historia de Alexander J. Mercer (voz de Barry Pepper), quien despierta en una morgue en el sótano de Gentek, una empresa de ingeniería genética ubicada en Manhattan, haciendo que un par de científicos que estaban a punto de realizar una autopsia huyan asustados. Alex escapa y presencia cómo los científicos son abatidos a tiros por operativos militares. Es descubierto y atacado, pero sobrevive a los disparos en el pecho y salta sobre un muro para ponerse a salvo. Pronto descubre que ahora posee poderes extraordinarios: metamorfosis, fuerza, velocidad, agilidad, durabilidad, sentidos sobrehumanos, resistencia y la capacidad de 'consumir' a personas para obtener sus memorias, habilidades y apariencia. Sin recuerdos de su vida anterior, Alex decide encontrar y consumir a quienes están relacionados con la conspiración para descubrir la verdad. Durante su búsqueda, Alex se enfrenta a dos facciones: el Cuerpo de Marines de los Estados Unidos y Blackwatch, una unidad de fuerzas especiales de Fort Detrick dedicada a combatir la guerra biológica; y los Infectados, monstruos creados por un virus conocido como BLACKLIGHT que arrasa Manhattan. El capitán Robert Cross (voz de Jeffrey Pierce), un oficial de Blackwatch, recibe órdenes de encontrar y contener a Alex. Alex contacta a su hermana, Dana (voz de Lake Bell), quien lo ayuda a rastrear objetivos, llevándolo a infiltrarse en la sede central de Gentek. Allí encuentra a una joven llamada Elizabeth Greene contenida en el edificio. Greene es un huésped para BLACKLIGHT y, al escapar, libera el virus en Manhattan. Dana dirige a Alex hacia Karen Parker, su exnovia. Ella acepta ayudarlo a detener el virus, aunque exige que Alex traiga muestras del mismo. Más tarde, Karen lleva a Alex a una trampa, donde es confrontado por Cross. Durante su batalla, Alex casi derrota a Cross cuando este menciona 'Penn Station', desencadenando un recuerdo que deja a Alex aturdido. Alex es inyectado con un parásito que amenaza con matarlo. Alex busca ayuda del Dr. Ragland, un patólogo vinculado a Gentek. Ragland lo ayuda a eliminar el parásito y convertirlo en un arma contra Greene. Sin embargo, no tiene efecto en Greene, ya que su cuerpo lo rechaza de inmediato, y la biomasa rechazada forma un monstruo, el Cazador Supremo, a quien Alex mata. Los orígenes del virus y de Elizabeth Greene son revelados a través de un contacto: en 1969, el gobierno probó un precursor del virus en Hope, Idaho, diseñado para atacar razas predeterminadas. El virus mutó a algo mucho más letal, y toda la población fue infectada. Elizabeth Greene fue la única superviviente; una anomalía en su biología aceptó el virus, reescribiendo su código genético junto con el de su hijo no nacido, apodado PARIAH. El resto de la población de Hope, Idaho, fue liquidado por Blackwatch. Greene y PARIAH fueron mantenidos en cautiverio para más investigaciones. Alex descubre su propio pasado: Blackwatch cerró el proyecto Gentek debido a filtraciones y ordenó la eliminación de todo el personal del proyecto. Alex Mercer tomó una muestra de BLACKLIGHT como 'aseguranza'. Finalmente, acorralado por Blackwatch en Penn Station, Alex, en un acto final de desesperación y venganza, rompe el frasco que contiene el BLACKLIGHT, liberando el virus antes de ser abatido a tiros. El virus entró en el torrente sanguíneo de Mercer a través de los agujeros de bala y reparó su cuerpo a nivel celular. El contacto y Alex inyectan un nuevo agente biológico, 'BLOODTOX', bajo tierra para forzar al virus a salir a la superficie, donde puede ser combatido directamente, haciendo que Greene emerja, encapsulada en una monstruosidad gigante. Greene cae del monstruo en forma humana una vez que es derrotada y es consumida por Alex. A través de sus memorias, queda claro que el General Randall, jefe de Blackwatch, está preparado para destruir Manhattan con un arma nuclear. El contacto, revelado como Cross, ayuda a Alex a infiltrarse en el USS Ronald Reagan para detener a Randall. Una vez que Alex consume a Randall, Cross es revelado como el Cazador Supremo, quien asumió la identidad de Cross después de consumirlo y ataca a Alex, afirmando que, cuando Blackwatch abandone NYZ, ya no buscarán infectados, y que, después de consumir a Alex, será lo suficientemente fuerte para sobrevivir a la detonación nuclear. Alex derrota al Cazador Supremo y mueve el arma hacia el Océano Atlántico con un helicóptero, donde explota y lo sorprende en la explosión. Sus restos flotan de vuelta a la ciudad y se regeneran después de consumir un cuervo. Durante los créditos finales, se revela que el público considera que fue el ejército quien detuvo la infección; un senador de EE.UU. es escuchado diciendo a los medios que los eventos en Manhattan fueron un caso de terrorismo nuclear y biológico, y promete represalias contra los responsables. Alex, reflexionando sobre los eventos que ocurrieron y la verdad que descubrió sobre sí mismo, afirma que se ha convertido en 'algo menos que humano, pero también algo más'. Después de los créditos, Manhattan es mostrado recuperándose lentamente, el virus ha sido casi completamente erradicado. Alex, parado en la cima del edificio Reuters en Times Square, comenta que su trabajo está casi terminado.