Prototype est un jeu action et aventure développé par Radical Entertainment et édité par Activision, sorti le 9 juin 2009.
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Prototype est le premier volet d'une série de deux jeux, où le joueur incarne Alex Mercer dans sa lutte contre une épidémie virale connue sous le nom de BLACKLIGHT qui ravage Manhattan. Alex, lui-même infecté par le virus, développe des capacités mutantes exceptionnelles qui évoluent avec le temps et lui permettent de combattre cette menace.
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Le jeu suit Alexander J. Mercer (voix de Barry Pepper), qui se réveille dans une morgue souterraine de Gentek, une entreprise de génie génétique basée à Manhattan. Il fait fuir deux scientifiques sur le point de pratiquer une autopsie avant d’être lui-même attaqué par des militaires. Malgré des balles tirées dans sa poitrine, Alex survit et s’échappe en sautant par-dessus un mur. Il découvre alors qu’il possède désormais des pouvoirs surhumains : métamorphose, force, vitesse, agilité, résistance, sens aiguisés, endurance, armes naturelles et la capacité à « consommer » des personnes pour en acquérir les souvenirs, compétences et apparence. Sans mémoire de son passé, Alex décide de traquer et d’absorber ceux liés à la conspiration pour percer la vérité. Au cours de sa quête, il affronte deux factions : le United States Marine Corps et Blackwatch, une unité d’élite de Fort Detrick spécialisée dans la lutte contre la guerre biologique, ainsi que les Infected, des monstres créés par le virus BLACKLIGHT qui envahit Manhattan. Le capitaine Robert Cross (voix de Jeffrey Pierce), un officier de Blackwatch, reçoit l’ordre de localiser et neutraliser Alex. Ce dernier entre en contact avec sa sœur, Dana (voix de Lake Bell), qui l’aide à traquer ses cibles, menant à l’infiltration du siège de Gentek. Il y découvre Elizabeth Greene, une jeune femme détenue dans l’établissement. Greene, hôte du BLACKLIGHT, libère le virus à sa fuite, déchaînant le chaos sur Manhattan. Dana oriente Alex vers Karen Parker, son ex-petite amie, qui accepte de l’aider à stopper le virus en échange d’échantillons. Karen finit par tendre un piège à Alex, qui affronte Cross. Alors que ce dernier est sur le point d’être vaincu, l’évocation de « Penn Station » déclenche un flashback, laissant Alex sonné. Il est ensuite infecté par un parasite mortel. Alex se tourne vers le Dr Ragland, un pathologiste lié à Gentek, qui l’aide à éliminer le parasite et à en faire une arme contre Greene. Cependant, le parasite n’a aucun effet sur elle, car son corps le rejette immédiatement, formant une créature monstrueuse, le Supreme Hunter, que Alex tue. Grâce à un contact, les origines du virus et d’Elizabeth Greene sont révélées : en 1969, le gouvernement testa un précurseur du virus à Hope, Idaho, conçu pour cibler des races prédéfinies. Le virus muta en une forme bien plus mortelle, infectant toute la population. Greene fut la seule survivante ; une anomalie biologique dans son corps accepta le virus, réécrivant son code génétique ainsi que celui de son fils à naître, surnommé PARIAH. Le reste de la population de Hope, Idaho fut exterminé par Blackwatch. Greene et PARIAH furent maintenus en captivité pour des recherches supplémentaires. Alex découvre son propre passé : Blackwatch mit fin au projet Gentek en raison de fuites et ordonna l’élimination de tout le personnel. Alex Mercer préleva un échantillon de BLACKLIGHT en guise d’« assurance ». Finalement acculé à Penn Station, Alex, dans un ultime acte de désespoir et de vengeance, brise le flacon contenant le BLACKLIGHT, libérant le virus avant d’être abattu. Le virus pénètre dans son sang à travers les balles et répare son corps au niveau cellulaire. Avec l’aide de son contact, ils injectent un nouvel agent biologique, le « BLOODTOX », dans les égouts pour forcer le virus à remonter à la surface, où il peut être combattu directement. Greene réapparaît alors sous la forme d’une créature géante. Une fois vaincue, elle reprend son apparence humaine et est absorbée par Alex. Grâce à ses souvenirs, il découvre que le général Randall, chef de Blackwatch, prépare la destruction de Manhattan à l’aide d’une arme nucléaire. Le contact, révélé être Cross, aide Alex à infiltrer l’USS Ronald Reagan pour empêcher Randall. Après avoir absorbé Randall, Cross se révèle être le Supreme Hunter, qui a pris son identité après l’avoir consommé. Il attaque Alex, affirmant que lorsque Blackwatch quittera New York, ils ne chercheront plus les infectés, et qu’après l’avoir absorbé, il sera assez puissant pour survivre à la détonation nucléaire. Alex vainc le Supreme Hunter et fait déposer l’arme dans l’océan Atlantique à l’aide d’un hélicoptère, où elle explose et le frappe de plein fouet. Ses restes dérivent vers la ville et se régénèrent après avoir absorbé un corbeau. Pendant les génériques, il est révélé que le public considère que l’armée a stoppé l’infection ; un sénateur américain déclare aux médias que les événements de Manhattan relèvent du terrorisme nucléaire et biologique, promettant des représailles contre les responsables. Alex, réfléchissant aux événements et aux vérités qu’il a découvertes sur lui-même, déclare être « devenu quelque chose de moins qu’humain, mais aussi quelque chose de plus ». Après les crédits, on voit Manhattan commencer à se rétablir, le virus ayant été presque entièrement éradiqué. Alex, debout sur le toit du Reuters Building à Times Square, commente que son travail est presque terminé.
