Prototype 2

Due anni dopo gli eventi del primo gioco, il Sergente James Heller, tornato dal tour in Iraq, scopre che sua moglie e sua figlia sono state dichiarate morte, spingendolo a riprendere il servizio militare nella lotta contro il virus Blacklight a NYZ. Viene informato sulle precedenti epidemie negli anni '60 in Idaho e nella NYZ durante gli eventi del primo gioco. Successivamente, trova Mercer e inizia a inseguirlo. Mentre insegue Mercer per vendetta, Heller viene infettato da un ceppo che gli conferisce abilità sovrumane simili. Dopo un blackout, si risveglia in un laboratorio della Zona Gialla dove il dott. Anton Koenig di Gentek e il Colonnello Douglas Rooks di Blackwatch sperimentano su di lui. Heller riesce a fuggire dalla base Gentek, quando Mercer lo affronta e rivela che Gentek e Blackwatch sono responsabili della ricreazione e della coltivazione del virus Blacklight, rendendoli responsabili della seconda infezione e della morte della famiglia di Heller. Mercer rivela i suoi piani per abbattere Gentek e Blackwatch e offre una tregua a Heller. Incerto sulle intenzioni di Mercer, Heller si reca dal suo parroco, Padre Luis Guerra, per consigli e aiuto. Utilizzando le informazioni fornite da Guerra, Heller hackera i terminali Blacknet per scoprire e sabotare diverse operazioni. Gradualmente, consumando tutto ciò che trova, Heller arriva a confrontare Koenig, che afferma di essere dalla sua parte e rivela il programma supersoldato di Blackwatch, in codice "Orion". Heller impedisce il progresso del Progetto: Orion uccidendo un supersoldato iniettato con il suo DNA. Dopo aver consumato uno dei capiscienziati, Heller scopre che Koenig lo stava osservando per trovare le sue debolezze. Adirato per il tradimento di Koenig, Heller lo traccia solo per scoprire che ha poteri simili ai suoi e a quelli di Mercer, ed è uno dei diversi agenti "Evoluti" piazzati in Gentek e Blackwatch da Mercer. Dopo aver sconfitto e consumato il dottore, Mercer rivela a Heller di volerlo reclutare per controllare NYZ. I dubbi di Heller crescono, e Guerra gli mostra un nastro video in cui Mercer rilascia nuovamente il virus nella Penn Station, lo stesso luogo in cui Mercer aveva originariamente rilasciato e contratto il virus. Furioso per l'inganno di Mercer, Heller parte per la Zona Verde per cacciare gli scagnozzi di Mercer, tra cui un agente Evoluto di Gentek di nome Sabrina Galloway. Tuttavia, dopo averla affrontata, Heller si allea riluttante con lei quando lei rivela di poterlo aiutare a sconfiggere Mercer. Con l'aiuto di Galloway, Heller scopre che Mercer intende infettare l'intero mondo attraverso il "Whitelight", un vaccino contaminato rilasciato da Gentek che in realtà serve ad accelerare l'infezione ed evoluzione invece di prevenirla. Frustrato dai continui sabotaggi di Heller, Mercer uccide Padre Guerra. Dopo aver trovato il suo corpo, un Heller addolorato usa il telefono di Guerra per contattare Athena, il contatto di Guerra che si rivela essere Dana Mercer. Dana spiega che la figlia di Heller, Maya, è ancora viva, spingendolo a dirigersi verso la Zona Rossa per sconfiggere Mercer e salvare Maya. Dopo aver impedito il secondo tentativo di Blackwatch di rasare Manhattan, Rooks aiuta Heller a raggiungere sua figlia, ma Galloway lo tradisce e porta Maya da Mercer. Di fronte a Mercer, questi rivela di voler risolvere i conflitti internazionali e i problemi mondiali infettando l'intera razza umana, creando così un Superorganismo con Maya al centro. Dopo che Mercer assorbe Galloway e gli altri Evoluti rimanenti, i due si affrontano in un sanguinoso duello, ma alla fine James ne esce vittorioso e uccide e consuma Mercer. Successivamente, Heller elimina gli infetti a NYZ insieme alla maggior parte del virus Blacklight; poi, usando le memorie assorbite di Mercer, localizza e libera Maya e Dana da una cassaforte. La storia si conclude con i tre che osservano New York, mentre Dana si chiede cosa fare dopo.