Assassin's Creed: Director's Cut Edition

Desmond Miles, een bartender, wordt ontvoerd door Abstergo Industries om als proefpersoon te dienen in de Animus, een apparaat dat genetische herinneringen kan simuleren. Abstergo wil dat Desmond de herinneringen van zijn voorvader Altaïr Ibn-La'Ahad beleeft, een lid van de Assassinenbroederschap in 1191 tijdens de Derde Kruistocht in het Heilige Land. Aanvankelijk heeft Desmond moeite om zich aan te passen aan de Animus, maar uiteindelijk beleeft hij Altaïrs avonturen over enkele dagen. Het spel wisselt voornamelijk tussen Altaïrs perspectief en dat van Desmond, afhankelijk van problemen met de Animus of het optreden van de Bloedende Effect. Het verhaal begint met Desmond die Altaïrs herinneringen binnengaat, maar al snel te maken krijgt met synchronisatieproblemen. Lucy Stillman en Warren Vidic discussiëren over Desmonds veiligheid binnen de Animus. Na enkele problemen verlaat Desmond de virtuele machine en Vidic legt hem de werking van de Animus uit, voordat hij het tutorialprogramma start. Na het voltooien van het tutorial gaat Desmond verder met de dichtstbijzijnde synchroniseerbare herinnering van Altaïr. Lucy voegt toe dat Desmond belangrijke momenten uit Altaïrs leven moet herbeleven om de synchronisatie te verbeteren, voordat hij de laatste herinnering bereikt die de informatie bevat die Abstergo zoekt. Altaïr probeert eerst een van een reeks artefacten, bekend als de "Pieces of Eden", te bemachtigen uit de Tempel van Salomo met de hulp van Malik Al-Sayf en zijn broer Kadar. Ze worden tegengehouden door Robert de Sablé, de grootmeester van de Tempeliers en gezworen vijand van de Assassinen. Tijdens het bemachtigen van de schat breekt Altaïr alle drie de regels van de Assassinen om Robert te doden, maar faalt uiteindelijk. In het daaropvolgende tumult wordt Malik's broer gedood en zijn linkerarm verlamd en later geamputeerd. Toen Altaïr terugkeert naar de vestiging van de Assassinen in Masyaf met excuses, keert Malik, die de Sablé overleefde, terug met het artefact en bespot hij Altaïr vanwege zijn arrogantie. Na nauwelijks een wraakactie van de Tempeliers te hebben overleefd, degradeert Al Mualim, de leider van de Assassinen, Altaïr tot novice, maar geeft hem een tweede kans om door de rangen van de Broederschap te klimmen. Al Mualim geeft Altaïr de taak om negen sleutelfiguren in het Heilige Land in Jeruzalem, Acre en Damascus te elimineren, met als doel vrede te brengen tussen de Kruisvaarders en de Saracenen. Elk doelwit is gebaseerd op een historische figuur uit de Derde Kruistocht, waaronder Majd Addin, Garnier de Naplouse, Jubair al Hakim, Abu'l Nuqoud, Sibrand, William van Montferrat en Robert de Sablé. Altaïr voltooit elke taak en leert hoe elk doelwit verbonden is met Robert en de Tempeliers, en hoe ze samen de Kruistochten willen beëindigen en het Heilige Land onder hun eigen controle willen brengen. Met mannen aan beide kanten gedood, ontdekt hij dat Roberts laatste plan is om de christelijke en moslimkrachten te verenigen tegen hun nieuwe gemeenschappelijke vijand, de Assassinen zelf. Altaïr verslaat de Sablé voor koning Richard Leeuwenhart, maar weet de koning niet te overtuigen dat een einde aan de oorlog welkom zou zijn voor beide partijen, maar wel Roberts plan te stoppen. Van de Sablé ontdekt Altaïr dat Al Mualim zelf een Tempelier was en de Assassijn gebruikte om de andere leden te doden die het geheim van de kracht van de schat kenden, zodat hij het artefact voor zichzelf kon behouden. Altaïr keert snel terug naar Masyaf en confronteert zijn meester, die de waarheid onthult: het Piece of Eden, dat hij kort daarvoor met behulp van Altaïr had bemachtigd, creëert illusies. Hij verwerpt religie en andere schijnbaar bovennatuurlijke gebeurtenissen (zoals de Tien Plagen van Egypte, het delen van de Rode Zee en het bestaan van de Griekse goden in de Trojaanse Oorlog) als illusies veroorzaakt door het artefact. Hij onthult zijn plan om de mensheid met behulp van het artefact in een gehypnotiseerde staat te brengen en zo alle conflicten te beëindigen. Altaïr weet uiteindelijk door de bedrog van het artefact heen te zien en Al Mualim te doden. Wanneer Altaïr het artefact terugwint, activeert het Piece of Eden en toont een holografische weergave van de wereld met tal van locaties van andere Pieces of Eden over de hele wereld aangegeven. Nadat het proces is voltooid, ontdekt Desmond dat Abstergo een moderne voornaam van de Tempeliers is en dat ze al op zoek zijn naar andere artefacten op locaties die in Altaïrs herinneringen zijn geïdentificeerd. Bovendien leert hij dat de moderne Assassinen hem hadden willen redden voordat de herinnering was voltooid, maar waren gefaald. Vervolgens zou Desmond worden gedood op bevel van een hoge Tempelier, Alan Rikkin, maar Lucy Stillman redt hem van de dood en steekt op een gegeven moment haar ringvinger in haar handpalm, verwijzend naar de traditie van de Assassinen om de vinger af te snijden. Ondanks dat Desmond gevangen blijft in het Abstergo-laboratorium, heeft zijn ervaring in de Animus een Bloedende Effect van Altaïrs leven in zijn eigen leven veroorzaakt, waardoor Desmond Altaïrs Adelaarsvisie kan gebruiken. Dit stelt hem in staat om vreemde boodschappen op de muren van zijn kamer en de vloer van het laboratorium te zien. De boodschappen gaan allemaal over verschillende vormen van het einde van de wereld uit verschillende culturen, waaronder meerdere verwijzingen naar 21 december 2012, de datum waarop Abstergo van plan is een satelliet te lanceren die de oorlog "voorgoed" zal beëindigen. Het wordt aangegeven dat deze methode op dezelfde manier zal plaatsvinden als Al Mualim Masyaf had gehypnotiseerd, maar op grotere schaal. Ten slotte eindigt het spel met Desmond die zich afvraagt wat de beelden allemaal betekenen en wie ze heeft getekend.