Assassin's Creed Black Flag Resynced

Het verhaal speelt zich af in een fictieve geschiedenis van echte gebeurtenissen en volgt de millennia oude strijd tussen de Assassinen, die vechten voor vrede en vrijheid, en de Tempeliers, die vrede willen bereiken door middel van controle. Het kaderverhaal is gezet in de 21e eeuw en toont de speler als werknemer van Abstergo Industries (een bedrijf dat door de moderne Tempeliers wordt gebruikt als dekmantel), die wordt gemanipuleerd om geheimen te onthullen die verband houden met de Assassinen-Tempeliersconflict en de voorouderlijke ras bekend als de Eerste Civilisatie. Het hoofdverhaal speelt zich af in de West-Indische eilanden tijdens de Gouden Eeuw van de Piraterij (1715–1722) en volgt de beroemde Welshse piraten Edward Kenway, de grootvader van de hoofdpersoon uit Assassin’s Creed III, Ratonhnhaké:ton / Connor, en de vader van antagonist Haytham Kenway, terwijl hij op zoek is naar fortuin en een mythische locatie genaamd de Observatorium, die zowel door de Assassinen als de Tempeliers wordt begeerd. Een belangrijk plotpunt draait om de poging om een onafhankelijke Piratenrepubliek in de Caraïben te stichten.