Assassin's Creed Black Flag Resynced

A trama decorre-se numa história fictícia baseada em eventos reais e segue a luta milenar entre os Assassinos, que lutam pela preservação da paz e da livre vontade, e os Templários, que desejam a paz através do controlo. A história de enquadramento decorre no século XXI e apresenta o jogador como um empregado da Abstergo Industries (uma empresa usada como fachada pelos Templários modernos), que é manipulado para descobrir segredos relacionados ao conflito Assassino-Templário e à raça precursora conhecida como Primeira Civilização. A história principal decorre no Caribe durante a Era Dourada da Pirataria (1715–1722) e segue o notório pirata galês Edward Kenway, avô do protagonista de Assassin’s Creed III, Ratonhnhaké:ton / Connor, e pai do antagonista Haytham Kenway, enquanto este procura fortuna e um local mítico chamado o Observatório, alvo tanto dos Assassinos como dos Templários. Um elemento central da trama envolve a tentativa de estabelecer uma república pirata independente no Caribe.