Syphon Filter 2

Korte tijd na de gebeurtenissen van het eerste deel worden Gabriel Logan en Lian Xing door de Agency als staatsvijanden beschouwd nadat ze de connectie tussen de organisatie en Syphon Filter ontdekken. De Agency-agent Dillon Morgan arresteert Lian in de PharCom magazijnen, waardoor Gabe en de CBDC-soldaten zich moeten afzetten bij ex-Agency-agent Teresa Lipan in Arizona. Tegelijkertijd stuurt de Agency een eskader F-22 Raptors om hun transport over de Colorado Rockies te onderscheppen. Gabe en CBDC-luitenant Jason Chance gaan de berg af op zoek naar hun vliegtuig en een doos met PharCom gegevensdisks. Agency-agent Steven Archer probeert hen tegen alle kosten te stoppen. Een groep samenzweerders, waaronder Mara Aramov en Agency-directeur Lyle Stevens, sluiten een deal om het virus aan een rogue Chinese generaal genaamd Shi-Hao te leveren. Intussen herstelt Lian in een Amerikaanse luchtmachtbasis waar Morgan, Derek Falkan en Thomas Holman samenwerken met PharCom-wetenschapper Dr. Elsa Weissinger om geïnfecteerd plasma uit proefpersonen te halen. Lian ontdekt dat de andere proefpersoon Jonathan Phagan was, de CEO van PharCom, die lang genoeg overleefde om het plasma aan de Agency te geven. Weissinger protesteert dat Phagan nuttig is en dat hij in leven moet blijven voor verdere onderzoek. Morgan, die niet wil dat de Amerikaanse overheid ontdekt dat de CEO van PharCom is geïnfecteerd met een onbekend virus, schakelt echter zijn levensondersteuning uit en zorgt zo voor een losse eind. Lian ontsnapt uit het medisch gebouw en ondervraagt Holman, die haar vertelt dat Morgan een nieuwe operatie plant bij het PharCom Expo Center om een versleutelde disk te vinden. Na Falkan te hebben gedood, verlaat ze de basis per helikopter en sluit zich aan bij Gabe om Archer’s troepen te bestrijden. Gabe schiet Archer neer tijdens zijn vlucht en herwint de PharCom-data. De hoofdpersonen volgen Holman naar het Expo Center en doden Morgan voordat hij de disk kan bemachtigen. Na het ontcijferen van de PharCom-data beseft Teresa dat er informatie ontbreekt. De andere helft moet bij de Russische SVR-directeur Uri Gregorov zijn, die eerder op de magazijnen verscheen voordat Gabe vertrok. Aangezien Lian en Uri elkaar kennen, besluiten ze elkaar in Moskou te ontmoeten. Aramov provoceert een vuurgevecht terwijl ze elkaar ontmoeten, en Lian achtervolgt Gregorov. Later ontdekt ze dat hij een nep is die voor Mara werkt en op zoek is naar de andere helft van de data. De man geeft toe dat de echte Gregorov in een Russische gevangenis, Aljir Prison, zit, waar Lian ooit gevangen zat. Gregorov ontdekte een complot om het virus aan Shi-Hao te verkopen, waarop Aramov ingreep. Lian redt Gregorov van executie, maar wordt bijna gedood door het virus en valt flauw. Gabe neemt haar mee terug naar de Verenigde Staten, terwijl Gregorov belooft Shi-Hao te regelen. Gabe en Teresa keren terug naar de veilige huisvesting in Virginia, beheerd door Lawrence Mujari, een freelance patholoog. Ze ruilden de PharCom-data in voor Lian’s vaccin bij de Agency. Director Stevens bedriegt Gabe in de Agency-laboratoria in New York, maar Logan ontsnapt en dwingt Dr. Weissinger het vaccin aan hem te geven. Gabe ontdekt ook dat Chance de missie in Colorado overleefde, wat hem vrijspreekt. Achtervolgd door NYPD SWAT-agenten en Agency-personeel, haast Gabe zich terug naar hun helikopter. Onderweg moet Logan dekken voor een SWAT-agent wiens partner gewond is. Hij doet dit, maar Stevens, die later de agent in gijzeling neemt, beveelt hem zijn wapens neer te leggen. Ondanks Logans overgave schiet Stevens de agent toch dood. Voor hij zelf kan worden neergeschoten, wordt Gabe door een explosie die Teresa veroorzaakt in de riolen gegooid. Gabe neemt aan dat Chance in de laboratoria is omgekomen, aangezien Teresa zegt dat hij de helikopter nooit heeft gehaald. Gabe en Teresa doden Stevens uiteindelijk, en Gabe schiet hem koudbloedig dood. Gabe en Teresa bereiken de helikopter en vinden Chance die op hen wacht in ondoordringbare Agency-uitgegeven pantser. Hij werkte voor hen, en hij schiet Teresa dood. Gabe vermoedde dit al, aangezien de Agency altijd wist waar hij in Colorado was. Beide mannen vechten, en Gabe doodt de man die hij vertrouwde met een vuurgeweer dat Chance in de helikopterbladen drijft, waardoor hij onthoofd wordt. Een nieuwsbericht onthult dat het bestaan van de Agency nu publiekelijk bekend is, en de Amerikaanse minister van Buitenlandse Zaken Vincent Hadden belooft dat de overheid zal onderzoeken. Gabe geneest Lian en markeert een graf voor Teresa. Hij, Lian en Lawrence houden een kleine herdenking en beloven door te vechten terwijl soldaten hen vanop afstand in de gaten houden. In een post-credits-scène komen Hadden en Aramov uit een helikopter, waarbij Aramov zegt dat de regering snel zal vallen, waardoor Hadden president kan worden. Hoewel een team soldaten toestemming vraagt om Gabe en zijn team te doden, annuleert Hadden de operatie en vertelt Mara dat hij andere plannen heeft met Gabe. Aramov lacht terwijl het scherm verdwijnt in het zwart.