Syphon Filter 3

Gabriel Logan, Lawrence Mujari en Lian Xing staan voor het graf van Teresa Lipan. Ondertussen annuleert Secretaris van Staat Vincent Hadden een operatie om de protagonisten te arresteren, met de mededeling dat hij andere plannen heeft voor Logan en hem de schuld wil geven tijdens de Congresvergaderingen. In de eerste flashback, twee weken voor de hoorzitting, laat Xing Logan in het Hotel Fukushima in Tokio, Japan, achter om de rogue Chinese generaal Shi Hao te vermoorden door diens verhoor van een lid van de JRA te verstoren. Lidmaten van de JRA dringen het hotel binnen en nemen de dochter van de Chinese ambassadeur gijzeln. Logan vecht zich een weg vrij en redt de gijzelaar. Hij ontdekt dat er een Congreshoorzitting is gepland. Logan beschrijft zijn operatie uit 1999 met Xing en Benton in Costa Rica, voorafgaand aan het D.C.-incident (de gebeurtenissen zoals oorspronkelijk getoond in de openingscène van het eerste spel). Ze zouden afspreken met Ellis, maar vinden hem geëxecuteerd. Logan beveiligt monsters van de planten en vernietigt het helikopter van Rhoemer terwijl Xing onderzoekt wat Rhoemer’s groep kweekt. Logan achtervolgt Rhoemer, ondanks de bevelen van Benton om zich te hergroeperen. Logan bemachtigt een jeep en volgt Rhoemer naar zijn vliegtuig. Hij weet aan boord te komen, maar mag de piloot niet doden om het vliegtuig in de lucht te houden; hij schiet Rhoemer (die dezelfde pantsering draagt als Jason Chance), waardoor deze uit de achterkant van de vrachtruimte valt, al parachuteert Rhoemer uiteindelijk veilig naar beneden. De volgende getuige is Mujari. Hij vertelt over de eerste keer dat hij in contact kwam met The Agency en het Syphon Filter-virus. In 1984 werkte hij met de African National Council in Mpumalanga, Zuid-Afrika, om onder het apartheidssysteem gevangen Afrikaanse slaven te bevrijden. Mujari gaat een mijnstelsel binnen, maar ontdekt dat zijn reddingspogingen tevergeefs zijn; alle slaven zijn dood. Hij bewaart de Zuid-Afrikaanse monsters; Lipan, die voor The Agency werkt, komt naar zijn laboratorium, ziet de monsters en vraagt Mujari om aan het virus te werken voor Pharcom. Als het de beurt is aan Xing om te getuigen, beschrijft ze de gebeurtenissen in Kabul, Afghanistan, tijdens de Sovjetconflict in 1987 en haar rol in de Costa Ricaanse operatie. In de eerste flashback is ze een MSS-agent die bewijsmateriaal verzamelt over Sovjet-troepbewegingen onder leiding van Uri Gregorov. Ze wordt overvallen door de Sovjets, maar gered door Logan, een Amerikaanse Army Ranger. Logan informeert Xing over zijn missie om wapens te leveren aan de lokale rebellen, en Xing stemt ermee in om een afleiding te creëren voor hem. In de tweede flashback ontdekt Xing dat Rhoemer wereldberoemde wetenschappers en medisch technisch personeel ontvoert om in zijn laboratoria te werken. Benton beveelt Lian op om de wetenschappers te redden om te ontdekken waarvoor de planten werden gebruikt. Ze krijgt ook de opdracht om een monster van het virus te verzamelen, datadrives te bemachtigen en computers met de gegevens te vernietigen. Tijdens de missie blijkt dat Elsa Weissinger een van Rhoemer’s laboratoriumtechnici is. Het wordt ook ontdekt dat planten noodzakelijk zijn voor de productie van het Syphon Filter-virus. Terwijl anderen getuigen, volgt Logan met een MI-6-team onder leiding van Margeret Powers een van de laatste leveringen van het Syphon Filter-virus naar Dublin, Ierland. Logan plaatst explosieven op het schip S.S. Lorelei en bemachtigt de ladinglijst. Ze worden aangevallen door de IRA, die de plannen van The Agency ontdekt om virale containers af te werpen. Het blijkt dat ze al meerdere vrachtwagens met het virus hadden gelost terwijl de bommen op het schip werden geplaatst. Logan en het team voorkomen dat de vrachtwagens het gebied verlaten en elimineren een dubbelagent. Na zijn missie in Ierland getuigt Logan over zijn rol in Afghanistan in 1987, wat onthult hoe hij en Ellis werden geworven door The Agency. Logan, Ellis en Benton zijn de enige overlevenden van een vernietigde voorraadconvoy. Bij het betreden van Kabul laat Xing’s afleiding de route van de convoy tijdelijk onbewaakt, met uitzondering van een tank die de stadsvierhoek bewaakt. Gabe vernietigt de tank met een C-4-explosief en onthult aan Hadden dat Benton’s contact geen Afghaanse rebel is, maar een Sovjetagent. Benton werkt niet voor de CIA, maar voor The Agency, die wapens aan de Sovjets levert. Benton doodt echter de Sovjetagent en beveelt de protagonisten om de wapens achter te laten voor de rebellen. Logans informatie leidt Xing en Powers naar de Tanami-woestijn in Australië, waar Weissenger het medische deel van de operatie leidt. Xing heeft de intentie om Weissenger te ontvoeren, fotografisch bewijs van genocide te verzamelen, de terroristische groep te saboteren en de snel te worden geëxecuteerde Aborigines te redden. Na de ontvoering dwingt Xing Weissenger om het vaccin te syntheseren. Voor ze weggaat om de dorpelingen te redden, geeft Weissenger Xing informatie over Mara Aramov als een zekerheid in geval Aramov haar zou bedriegen. Weissenger vertrekt toen Xing terugkeert naar de helikopter. Hadden beschuldigt Logan ervan Lipan te hebben gedood, maar Teresa verschijnt zelf en onthult dat ze haar dood heeft gefingeerd. Ze getuigt over haar eerste dag als ATF-agent in Western Montana, Paradise Ridge, in de vroege jaren 90. Ze krijgt een oproep van twee FBI-agenten die hulp nodig hebben om een militie-scharrelschutter neer te halen. Teresa biedt de agenten hulp, maar belandt in een complot. Een militie-overlevingsdeskundige genaamd Earl Oakton, die door de agenten is gevangengenomen, wordt koudbloedig geëxecuteerd. De vermeende FBI-agenten blijken corrupt NSA-agenten te zijn die erop uit zijn om de Oakton-familie te doden om satellietgegevens te bemachtigen. Logan, verkleed als een van de agenten, vangt en redt Lipan van executie. Logan is bezorgd over het terugwinnen van de gegevens, terwijl Lipan haar best doet om de militie en haar ATF-collega’s te redden van de NSA-agenten. Uiteindelijk sluit ze zich aan bij wat over is van de Oakton-familie, herwint de satellietgegevens en brengt hen in veiligheid met Logan. Aan het einde van haar getuigenis onthult Lipan dat ze Hadden de hele tijd in de gaten heeft gehouden en ontdekt dat Aramov zijn medeplichtige is. Logan verschijnt met federale agenten met een arrestatiebevel voor Hadden. Aramov stormt binnen en schiet op iedereen in zicht, maar Logan en Lipan weten te ontkomen. Logan achtervolgt Aramov terwijl hij onderweg federale agenten redt. Hij zoekt ook naar codes om de geplante bommen te ontmantelen. Uiteindelijk stapt Logan in een Washington Metro-trein, op dezelfde lijnen waar hij Aramov in 1999 confronteerde, en schiet haar neer. Na Aramov’s arrestatie wordt Gabe de leider van The Agency, later bekend als de IPCA. Een post-credits-scène toont echter dat Aramov ontsnapt uit de gevangenis en een lading van het Syphon Filter-virus bemachtigt van het wrak van de S.S. Lorelei.