Syphon Filter 3

Gabriel Logan, Lawrence Mujari e Lian Xing estão perante a sepultura de Teresa Lipan. Enquanto isso, o Secretário de Estado Vincent Hadden cancela uma operação para capturar os protagonistas, afirmando que tem outros planos para Logan, planeando culpar o agente durante audiências no Congresso. No primeiro flashback, duas semanas antes da audiência, Logan é deixado pelo Xing no Hotel Fukushima, em Tóquio, Japão, para assassinar o general chinês renegado Shi Hao, interrompendo o interrogatório deste último a um membro da JRA. Membros da JRA invadem o hotel e tomam como refém a filha do embaixador chinês. Logan luta para sair e resgata a refém. Descobre que foram agendadas audiências no Congresso. Logan detalha a sua operação de 1999 com Xing e Benton na Costa Rica, antes do incidente em D.C. (os eventos originalmente mostrados no início do primeiro jogo). Tinham de se encontrar com Ellis, mas descobrem que este foi executado. Logan segura amostras das plantas e destrói o helicóptero de Rhoemer, enquanto Xing investiga o que o grupo de Rhoemer estava a cultivar. Logan persegue Rhoemer, desobedecendo a ordem de Benton para se reagruparem. Logan obtém um jipe e segue Rhoemer até ao seu avião. Logan consegue embarcar no avião, mas é forçado a não matar o piloto para manter o avião no ar; atira em Rhoemer (usando a mesma armadura que Jason Chance), fazendo com que este caia da parte de trás da carga, embora Rhoemer eventualmente aterre em segurança de paraquedas. O próximo a depor é Mujari. Ele explica a primeira vez que entrou em contacto com a Agência e o vírus Syphon Filter. Em 1984, trabalhava com o Conselho Nacional Africano em Mpumalanga, África do Sul, para libertar africanos escravizados sob o regime do apartheid. Mujari entra num conjunto de túneis de mineração e descobre que os seus esforços de resgate são em vão; todos os escravos estão mortos. Ele guarda as amostras da África do Sul; Lipan, que trabalha para a Agência, vai ao seu laboratório, vê as amostras e pede a Mujari que trabalhe no vírus para a Pharcom. Quando é a vez de Xing depor, ela descreve os eventos em Cabul, Afeganistão, durante o conflito soviético em 1987 e o seu lado da operação na Costa Rica. No primeiro flashback, ela é uma agente do MSS a recolher provas sobre os movimentos das tropas soviéticas lideradas por Uri Gregorov. É emboscada pelos soviéticos, mas resgatada por Logan, um Ranger do Exército dos Estados Unidos. Logan briefa Xing sobre a sua missão de entregar armas aos rebeldes locais, e Xing concorda em criar uma distração para ele. No segundo flashback, Xing descobre que Rhoemer sequestrou muitos cientistas e técnicos médicos de renome mundial para trabalharem nos seus laboratórios. Benton ordena a Lian que salve os cientistas para descobrir para que serviam as plantas. Também é ordenado a recolher uma amostra do vírus, discos de dados e destruir computadores que contenham os dados. Durante a missão, descobriu-se que Elsa Weissinger era uma das técnicas de laboratório de Rhoemer. Também se descobriu que as plantas são necessárias para criar o vírus Syphon Filter. Enquanto outros depoem, Logan, com uma equipa do MI-6 liderada por Margeret Powers, rastreia uma das últimas entregas do vírus Syphon Filter para Dublin, Irlanda. Logan coloca explosivos no navio S.S. Lorelei e recupera o manifesto de transporte. São atacados pela IRA, que descobre os planos da Agência para lançar recipientes com o vírus. Descobre-se que já tinham descarregado várias carretas com o vírus enquanto as bombas eram colocadas no navio. Logan e a equipa impedem que as carretas saiam da área, eliminando um agente duplo. Após a missão na Irlanda, Logan depoe sobre o seu papel no Afeganistão em 1987, que revela como ele e Ellis foram recrutados para a Agência. Logan, Ellis e Benton são os únicos sobreviventes de um comboio de abastecimento destruído. Ao entrarem em Cabul, a distração de Xing deixa a rota do comboio temporariamente desprotegida, com exceção de um tanque que guarda a praça. Gabe destrói o tanque usando explosivos C-4 e revela a Hadden que o contacto de Benton não é um rebelde afegão, mas um agente soviético. Benton não trabalha para a CIA, mas para a Agência, que está a fornecer armas aos soviéticos. No entanto, Benton mata o agente soviético e ordena aos protagonistas que deixem as armas para os rebeldes. A inteligência de Logan leva Xing e Powers ao deserto de Tanami, na Austrália, onde Weissenger está a gerir o lado médico da operação. Xing planeia sequestrar Weissenger, obter provas fotográficas de genocídio, sabotar o grupo terrorista e resgatar os aborígenes que estão prestes a ser executados. Após o sequestro, Xing força Weissenger a sintetizar a vacina. Antes de ir salvar as aldeias, Weissenger dá a Xing informações sobre Mara Aramov como seguro em caso de Aramov a trair. Weissenger sai quando Xing regressa ao helicóptero. Hadden acusa Logan de matar Lipan, mas Teresa aparece e revela que fingiu a sua morte. Ela depoe sobre o seu primeiro dia como agente do ATF em Paradise Ridge, Montana Ocidental, no início dos anos 90. Recebe uma chamada de dois agentes do FBI dizendo que precisam de apoio para derrubar um atirador de milícia. Teresa fornece apoio aos agentes, mas acaba envolvida numa conspiração. Um survivalista da milícia chamado Earl Oakton, capturado pelos agentes, é executado em sangue-frio. Os supostos agentes do FBI são na verdade agentes corruptos da NSA que querem matar a família Oakton para obter dados de satélite. Logan, disfarçado de um dos agentes, captura e depois salva Lipan da execução. Logan preocupa-se em recuperar os dados, enquanto Lipan faz o possível para salvar a milícia e os seus colegas agentes do ATF dos agentes da NSA. Eventualmente, encontra-se com a família Oakton (ou o que resta dela), recupera os dados de satélite e retira-os da área com Logan. No final do seu depoimento, Lipan revela que espionou Hadden durante todo o tempo para descobrir que Aramov é seu cúmplice. Logan aparece com agentes federais com um mandado para prender Hadden. Aramov irrompe e atira em todos à vista, mas Logan e Lipan esquivam-se. Logan persegue Aramov enquanto resgata agentes federais capturados ao longo do caminho. Também procura códigos para desarmar bombas colocadas. Logan entra eventualmente num comboio do metro de Washington, nas mesmas linhas onde enfrentou Aramov em 1999, e atira nela. Após a captura de Aramov, Gabe tornou-se chefe da Agência, mais tarde conhecida como IPCA. No entanto, Aramov escapa da prisão. Uma cena pós-créditos mostra Aramov recuperando um envio do vírus Syphon Filter do naufrágio do S.S. Lorelei.