Syphon Filter 2

Poucas horas após os eventos do primeiro jogo, Gabriel Logan e Lian Xing tornam-se inimigos da Agência após descobrirem a sua ligação ao Syphon Filter, sendo rotulados como terroristas perante o público em geral. O agente da Agência Dillon Morgan captura Lian nos armazéns da PharCom, forçando Gabe e os soldados do CBDC a encontrarem-se com a ex-agente da Agência Teresa Lipan no Arizona. Simultaneamente, a Agência envia uma esquadrilha de caças F-22 Raptor para interceptar o seu transporte sobre as Montanhas Rochosas do Colorado. Gabe e o tenente do CBDC Jason Chance descem a montanha, à procura do seu avião e de uma caixa de discos de dados da PharCom. O agente Steven Archer tenta detê-los a todo o custo. Um grupo de conspiradores, incluindo Mara Aramov e o diretor da Agência Lyle Stevens, faz um acordo para entregar o vírus a um general chinês chamado Shi-Hao. Enquanto isso, Lian recupera em uma base da Força Aérea dos EUA, onde Morgan, Derek Falkan e Thomas Holman trabalham com a Dra. Elsa Weissinger da PharCom para extrair plasma infectado de sujeitos de teste. Descobre-se que o outro sujeito era o CEO da PharCom, Jonathan Phagan, que sobreviveu ao ferimento de bala o suficiente para a Agência retirar o plasma. Weissinger protesta que Phagan é útil e deve ser mantido vivo para mais pesquisas. No entanto, Morgan, não querendo que o governo dos EUA descubra que o CEO da PharCom está infectado com um vírus desconhecido, desativa seu suporte à vida, amarrando um fio solto. Lian escapa do prédio médico e interroga Holman para descobrir que Morgan está planejando outra operação no PharCom Expo Center para encontrar um disco de criptografia. Após matar Falkan, ela deixa a base de helicóptero e se junta a Gabe para lutar contra as forças de Archer. Gabe atira em Archer durante sua fuga e recupera os dados da PharCom. Os protagonistas seguem Holman até o Expo Center e matam Morgan antes que ele possa recuperar o disco que procurava. Após decifrar os dados da PharCom, Teresa percebe que algumas informações estão faltando. A outra metade deve estar com o diretor do SVR russo Uri Gregorov, que apareceu nos armazéns antes de Gabe sair. Como Lian e Uri se conhecem, eles concordam em se encontrar em Moscou. Aramov provoca um tiroteio enquanto eles se encontram, e Lian persegue Gregorov. Mais tarde, descobre-se que ele era um impostor trabalhando para Mara e tentando encontrar a outra metade dos dados. O homem admite que o verdadeiro Gregorov está em um gulag russo, a Prisão Aljir, que já havia detido Lian. Gregorov descobriu um plano para vender o vírus a Shi-Hao, então Aramov interveio. Lian para a execução de Gregorov, mas quase morre devido ao vírus e desmaia. Gabe leva-a de volta aos Estados Unidos, enquanto Gregorov promete lidar com Shi-Hao. Gabe e Teresa retornam ao esconderijo na Virgínia, supervisionado pelo patologista freelancer Lawrence Mujari. Eles trocaram os dados da PharCom pela vacina de Lian com a Agência. O diretor Stevens traiu Gabe nos laboratórios da Agência em Nova York, mas Logan escapa e força a Dra. Weissinger a dar-lhe a vacina. Gabe também descobre que Chance sobreviveu à missão no Colorado, o que o deixa livre. Perseguido por policiais SWAT e pessoal da Agência, Gabe apressa-se de volta ao seu helicóptero. No caminho, Logan é forçado a dar cobertura a um policial SWAT cujo parceiro está ferido. Ele o faz, mas Stevens, que mais tarde toma o policial como refém, ordena que ele solte suas armas. Apesar de Logan se render, Stevens mata o policial de qualquer maneira. Antes que possa ser atingido, Gabe é jogado para os esgotos por uma explosão que Teresa desencadeia. Gabe assume que Chance foi morto nos laboratórios, já que Teresa diz que ele nunca chegou ao helicóptero. Gabe e Teresa eventualmente encurralam Stevens, e Gabe atira nele em sangue-frio. Gabe e Teresa chegam ao helicóptero para encontrar Chance esperando com um colete à prova de balas impenetrável fornecido pela Agência. Ele estava trabalhando para eles, e atira em Teresa. Gabe suspeitava disso, pois a Agência sempre soube onde ele estava no Colorado. Ambos lutam, e Gabe mata o homem em quem confiava com uma espingarda de assalto que empurra Chance nas pás do helicóptero, decapitando-o. Um boletim informativo revela que a existência da Agência agora é pública, e o Secretário de Estado dos EUA Vincent Hadden promete que o governo investigará. Gabe cura Lian e marca um túmulo para Teresa. Ele, Lian e Lawrence realizam uma pequena cerimônia memorial e prometem continuar lutando enquanto soldados os observam de longe. Em uma cena pós-créditos, Hadden e Aramov saem de um helicóptero, com Aramov dizendo que a Administração cairá em breve, permitindo que Hadden se torne Presidente. Embora uma equipe de soldados peça permissão para matar Gabe e sua equipe, Hadden cancela a operação, dizendo a Mara que tem outros planos para Gabe. Aramov ri enquanto a tela desvanece para preto.