Syphon Filter 2 es un juego de acción y disparos desarrollado por Eidetic y publicado por 989 Studios, lanzado el 14 marzo 2000.
Syphon Filter 2 es un juego de disparos y sigilo en tercera persona desarrollado por Eidetic y publicado por 989 Studios exclusivamente para PlayStation. Horas después de los eventos del primer juego, Gabriel Logan y Lian Xing se convierten en enemigos del Estado para la Agencia tras descubrir su conexión con Syphon Filter, siendo etiquetados como terroristas ante el público general.
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Horas después de los eventos del primer juego, Gabriel Logan y Lian Xing se convierten en enemigos del Estado para la Agencia tras descubrir su conexión con Syphon Filter, siendo etiquetados como terroristas ante el público general. El agente de la Agencia, Dillon Morgan, captura a Lian en los almacenes de PharCom, obligando a Gabe y a los soldados de CBDC a reunirse con la exagente de la Agencia, Teresa Lipan, en Arizona. Mientras tanto, la Agencia moviliza un escuadrón de cazas F-22 Raptor para interceptar su transporte sobre las Montañas Rocosas de Colorado. Gabe y el teniente de CBDC, Jason Chance, bajan de la montaña en busca de su avión y una caja con discos de datos de PharCom. El agente de la Agencia, Steven Archer, intenta detenerlos a toda costa. Un grupo de conspiradores, incluyendo a Mara Aramov y al director de la Agencia, Lyle Stevens, hacen un trato para entregar el virus a un general chino renegado llamado Shi-Hao. Mientras tanto, Lian se recupera en una base de la Fuerza Aérea de EE.UU., donde Morgan, Derek Falkan y Thomas Holman trabajan con la Dra. Elsa Weissinger de PharCom para extraer plasma infectada de sujetos de prueba. Lian descubre que el otro sujeto era el CEO de PharCom, Jonathan Phagan, quien sobrevivió lo suficiente para que la Agencia obtuviera la plasma. Weissinger protesta diciendo que Phagan es útil y debería mantenerse con vida para más investigaciones. Sin embargo, Morgan, sin intención de que el gobierno de EE.UU. descubra que el CEO de PharCom está infectado con un virus desconocido, desconecta su soporte vital, resolviendo un cabo suelto. Lian escapa del edificio médico e interroga a Holman para descubrir que Morgan planea otra operación en el PharCom Expo Center para encontrar un disco de cifrado. Tras matar a Falkan, ella abandona la base en helicóptero y se une a Gabe para luchar contra las fuerzas de Archer. Gabe dispara a Archer durante su huida y recupera los datos de PharCom. Los protagonistas siguen a Holman hasta el Expo Center y lo matan antes de que pueda recuperar el disco que buscaba. Tras descifrar los datos de PharCom, Teresa se da cuenta de que falta información. La otra mitad debe estar con el director del SVR ruso, Uri Gregorov, quien apareció en los almacenes antes de que Gabe se fuera. Dado que Lian y Uri se conocen, acuerdan reunirse en Moscú. Aramov provoca un tiroteo durante su encuentro, y Lian persigue a Gregorov. Más tarde, Lian descubre que es un impostor que trabaja para Mara y busca la otra mitad de los datos. El hombre admite que el verdadero Gregorov está en una prisión rusa, Aljir Prison, donde Lian estuvo encarcelada anteriormente. Gregorov descubrió una conspiración para vender el virus a Shi-Hao, por lo que Aramov intervino. Lian detiene su ejecución, pero casi muere por el virus y colapsa. Gabe la lleva de vuelta a EE.UU., mientras Gregorov promete ocuparse de Shi-Hao. Gabe y Teresa regresan a la casa segura de Virginia, supervisada por Lawrence Mujari, un patólogo independiente. Ellos intercambiaron los datos de PharCom con la Agencia por la vacuna de Lian. El director Stevens traiciona a Gabe en los laboratorios de la Agencia en Nueva York, pero Logan escapa y obliga a la Dra. Weissinger a darle la vacuna. Gabe también descubre que Chance sobrevivió a la misión en Colorado, lo que lo libera. Persiguido por la policía SWAT de NY y el personal de la Agencia, Gabe se apresura de vuelta a su helicóptero. En el camino, Logan es obligado a cubrir a un oficial SWAT cuyo compañero está herido. Lo hace, pero Stevens, quien más tarde toma al oficial como rehén, le ordena que suelte sus armas. A pesar de que Logan se rinde, Stevens mata al oficial de todos modos. Antes de que pueda ser disparado, Gabe es lanzado a las alcantarillas por una explosión que Teresa desencadena. Gabe asume que Chance murió en los laboratorios, ya que Teresa dice que nunca llegó al helicóptero. Finalmente, Gabe y Teresa acorralan a Stevens, y Gabe lo dispara en sangre fría. Gabe y Teresa llegan al helicóptero y encuentran a Chance esperándolos, vestido con un traje antibalas impenetrable proporcionado por la Agencia. Él trabajaba para ellos, y dispara a Teresa. Gabe lo sospechaba porque la Agencia siempre supo dónde estaba en Colorado. Ambos hombres luchan, y Gabe mata al hombre en quien confiaba con un fusil de asalto que empuja a Chance contra las aspas del helicóptero, decapitándolo. Un informe de noticias revela que la existencia de la Agencia es ahora pública, y el Secretario de Estado de EE.UU., Vincent Hadden, promete que el gobierno investigará. Gabe cura a Lian y marca una tumba para Teresa. Él, Lian y Lawrence celebran un pequeño memorial y prometen seguir luchando mientras soldados los observan desde lejos. En una escena post-créditos, Hadden y Aramov descienden de un helicóptero, con Aramov diciendo que la Administración pronto caerá, permitiendo que Hadden se convierta en Presidente. Aunque un equipo de soldados pide permiso para matar a Gabe y su equipo, Hadden cancela la operación, diciéndole a Mara que tiene otros planes para Gabe. Aramov ríe mientras la pantalla se oscurece.