Syphon Filter 2

Timmar efter det första spelets händelser blir Gabriel Logan och Lian Xing statens fiender efter att ha avslöjat Agenturens koppling till Syphon Filter och utpekats som terrorister av allmänheten. Agenturen operatör Dillon Morgan griper Lian på PharCom:s lagerlokaler, vilket tvingar Gabe och CBDC:s soldater att samlas med den tidigare Agenturen operatören Teresa Lipan i Arizona. Samtidigt skickar Agenturen en skvadron F-22 Raptorjaktplan för att avskära deras transport över Colorado Rockies. Gabe och CBDC:s löjtnant Jason Chance tar sig ner från berget för att leta efter sitt plan och en låda med PharCom dataskivor. Agenturen operatören Steven Archer försöker stoppa dem till varje pris. En grupp konspiratörer, inklusive Mara Aramov och Agenturen direktör Lyle Stevens, gör en affär om att leverera viruset till en rogue kinesisk general vid namn Shi-Hao. Medan Lian återhämtar sig på en amerikansk flygbask där Morgan, Derek Falkan och Thomas Holman arbetar med PharCom:s Dr. Elsa Weissinger för att extrahera infekterat plasma från försökspersoner. Lian får veta att den andra försökspersonen var PharCom:s VD Jonathan Phagan, som överlevde sitt skott tillräckligt länge för att Agenturen skulle kunna ta plasma från honom. Weissinger protesterar att Phagan är användbar och bör hållas vid liv för ytterligare forskning. Morgan, som inte vill att den amerikanska regeringen ska upptäcka att PharCom:s VD är infekterad med ett okänt virus, stänger av hans livsuppehållande utrustning och tar hand om en lös tråd. Lian flyr från sjukhuset och förhör Holman för att ta reda på att Morgan planerar en annan operation på PharCom Expo Center för att hitta en krypteringsskiva. Efter att ha mördat Falkan lämnar hon basen med en helikopter och samarbetar med Gabe för att bekämpa Archers styrkor. Gabe skjuter Archer under hans flykt och återfår PharCom:s data. Protagonisterna följer Holman till Expo Center och dödar Morgan innan han kan återfå den skiva han sökte. Efter att ha dekrypterat PharCom:s data inser Teresa att någon information saknas. Den andra halvan måste vara hos den ryska SVR-direktören Uri Gregorov, som dykt upp på lagerlokalerna innan Gabe lämnade. Eftersom Lian och Uri känner varandra överenskommer de om att träffas i Moskva. Aramov utlöser ett skottväxling under deras möte, och Lian jagar Gregorov. Senare får hon veta att han är en förfalskning som arbetar för Mara och försöker hitta den andra halvan av data. Mannen erkänner att den riktige Gregorov är i en rysk gulag, Aljir Fängelse, som en gång höll Lian fången. Gregorov hade upptäckt en plan att sälja viruset till Shi-Hao, så Aramov ingrep. Lian stoppar Gregorovs avrättning men är nära att dödas av viruset och kollapsar. Gabe tar henne tillbaka till USA, medan Gregorov lovar att hantera Shi-Hao. Gabe och Teresa återvänder till den säkra bostaden i Virginia övervakad av Lawrence Mujari, en frilansande patolog. De bytte PharCom:s data mot Lian:s vaccin mot Agenturen. Direktör Stevens sviker Gabe i Agenturens laboratorium i New York City, men Logan flyr och tvingar Dr. Weissinger att ge honom vaccinet. Gabe upptäcker också att Chance överlevde uppdraget i Colorado, vilket gör honom fri. Förföljd av NYPD:s SWAT-polis och Agenturens personal skyndar sig Gabe tillbaka till sin helikopter. På vägen tvingas Logan ge skydd åt en SWAT-polis vars partner är skadad. Han gör det, men Stevens, som senare tar polisen som gisslan, beordrar honom att kasta sina vapen. Trots att Logan överger sig, skjuter Stevens polisen ändå. Innan han kan bli skjuten kastas Gabe in i avloppet av en explosion som Teresa utlöser. Gabe antar att Chance dödades i laboratoriet eftersom Teresa säger att han aldrig nådde helikoptern. Gabe och Teresa får slutligen Stevens på flykten, och Gabe skjuter honom i kallt blod. Gabe och Teresa når helikoptern för att upptäcka att Chance väntar där i ogenomtränglig Agentur-utrustad kroppsrustning. Han hade arbetat för dem, och han skjuter Teresa. Gabe misstänkte det sedan Agenturen alltid visste var han var i Colorado. Båda männen slåss, och Gabe dödar den han litade på med en stormgevär som driver Chance in i helikopterbladen, avhugger huvudet på honom. En nyhetsrapport avslöjar att Agenturens existens nu är offentlig, och USA:s utrikesminister Vincent Hadden lovar att regeringen kommer att utreda. Gabe botar Lian och markerar en grav för Teresa. Han, Lian och Lawrence håller en liten minnesstund och lovar att fortsätta kämpa medan soldater bevakar dem på avstånd. I en eftertextram scen dyker Hadden och Aramov upp från en helikopter, där Aramov säger att administrationen snart kommer att falla, vilket gör att Hadden kan bli president. Även om ett lag soldater begär tillstånd att döda Gabe och hans team, avbryter Hadden operationen och säger till Mara att han har andra planer för Gabe. Aramov skrattar medan skärmen svartnar.