Syphon Filter

Gabriel Logan en Lian Xing zijn agenten van The Agency op zoek naar Erich Rhoemer, een internationale terrorist. In augustus 1999 probeerde agent Ellis de narcotica-operatie van Rhoemer in Guácimo, Costa Rica, te infiltreren, maar werd ontdekt en geëxecuteerd door de ex-KGB-agent Mara Aramov. Rhoemer gaf toen de Franse huursoldaat Anton Girdeux de opdracht het plantagegebouw in brand te steken om het bewijs van hun Syphon Filter-onderzoek te vernietigen. In Washington D.C. brieft Edward Benton, plaatsvervangend directeur van The Agency, Logans missie door aan directeur Thomas Markinson en een mysterieus, onbenoemd figuur. Weken later onderzoeken Gabe en Lian een mysterieus virale uitbraak in de Himalaya, waarbij slechts één overlevende achterblijft. (Lian noemt dit onmogelijk.) Het spel begint een maand na de gebeurtenissen in Costa Rica. Rhoemer en zijn terroristen hebben een aanval op Washington D.C. gestart. Gabe verslaat Pavel Kravitch, Rhoemers communicatiespecialist, waardoor hij toegang krijgt tot het Washington Metro. Nadat een explosie plaatsvindt, blijft Gabe ondergronds vastzitten. Hij achtervolgt Aramov, vangt haar in de tunnels en gaat naar een nabijgelegen park om te helpen bij het ontmantelen van virale bommen, waar hij hoort dat Aramov weer is ontsnapt. Gabe gaat naar het Freedom Memorial, waar hij Jorge Marcos, Rhoemers handlanger, verslaat voordat Girdeux wordt verbrand. Labresultaten tonen aan dat Syphon Filter een dodelijke biologische wapen van de volgende generatie is, in staat om specifieke demografische groepen te raken. Jonathan Phagan, CEO en oprichter van PHARCOM, bezoekt een gala in zijn nieuwe Expo Center Museum in New York, waar hij wordt ontvoerd door Aramov en blijkt dat Benton een dubbelagent is. Gabe doodt Benton en bevrijdt Phagan, maar Aramov, die wordt gearresteerd, ontsnapt opnieuw. Gabe gaat naar Rhoemers geheime basis in Rozova, Kazachstan, waar hij de commandant Vladislav Gabrek doodt en de basis vernietigt, maar Lian wordt gevangengenomen en vermoedelijk gedood door Rhoemer. Gabe wordt vervolgens gestuurd om Rhoemers bolwerk in Uzhhorod, Oekraïne, te infiltreren, een verlaten kathedraal. Gabe injecteert virale patiënten met wat hij voor een antidote houdt, en daalt dieper de kathedraal in om Lian te redden, die uitlegt dat er geen 'globale' antidote voor het virus bestaat. Ze vinden ook Phagan, die later door Aramov wordt gedood. Zij besluit Gabe en Lian te helpen, omdat ze ergens anders geen toevlucht heeft. Gabe dringt de PHARCOM-opslagplaatsen in Almaty, Kazachstan, binnen, waar PHARCOM-beveiliging vecht tegen Rhoemers mannen. Gabe ontdekt dat Markinson, die in het geheim onderhandelde met Rhoemer om Syphon Filter voor The Agency te verkrijgen, Gabe had laten injecteren met kaliumchloride. Rhoemer onthult dat hij een Sovjet-tijdperk nucleaire ICBM heeft gevangengenomen. Rhoemer schiet Markinson dood en start de lanceerprocedure van de raket. Gabe kan de lancering niet stoppen, dus zijn enige hoop is om de zelfvernietigingssequentie te activeren zodra de raket in de bovenste atmosfeer is. Gabe vernietigt de raket met succes. Rhoemer, woedend over Logans inmenging, daagt hem uit voor een laatste confrontatie. Gabe kan hem doden en voorkomt zo de Derde Wereldoorlog. In een aftitelings-scène houdt de mysterieuze figuur van het begin van de film een monster van Syphon Filter in het hoofdkwartier van The Agency, terwijl Aramov lacht.