Syphon Filter è un gioco di genere azione e sparatutto sviluppato da Eidetic e pubblicato da 989 Studios, uscito il 17 febbraio 1999.
Syphon Filter è un sparatutto stealth in terza persona sviluppato da Eidetic e pubblicato da 989 Studios esclusivamente per PlayStation. La trama ruota attorno agli agenti speciali Gabriel "Gabe" Logan e Lian Xing, incaricati dal governo degli Stati Uniti di catturare un terrorista internazionale tedesco.
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Gabriel Logan e Lian Xing sono agenti dell'Agenzia, sulle tracce di Erich Rhoemer, un terrorista internazionale. Nell'agosto del 1999, l'agente Ellis tentò di infiltrarsi nell'operazione di narcotici di Rhoemer a Guácimo, in Costa Rica, ma venne scoperto ed ucciso da Mara Aramov, ex agente del KGB. Rhoemer ordinò quindi ad Anton Girdeux, un mercenario francese, di dare fuoco alla piantagione per nascondere le prove delle ricerche sul Syphon Filter. A Washington D.C., Edward Benton, vice direttore dell'Agenzia, illustra la missione di Logan al direttore Thomas Markinson e a una figura misteriosa e non identificata. Alcune settimane dopo, Gabe e Lian indagano su un misterioso focolaio virale nell'Himalaya, che lascia un unico sopravvissuto (Lian descrive questo come impossibile). Il gioco inizia un mese dopo gli eventi in Costa Rica. Rhoemer e i suoi terroristi lanciano un assalto a Washington D.C. Gabe sconfigge Pavel Kravitch, esperto di comunicazioni di Rhoemer, permettendogli di accedere alla metropolitana di Washington. Una volta all'interno, un'esplosione lascia Gabe intrappolato sottoterra. Insegue Aramov, catturandola nelle gallerie prima di dirigersi verso un parco vicino per aiutare nello smaltimento di alcune bombe virali, dove scopre che Aramov è fuggita. Raggiunto il Freedom Memorial, Gabe affronta e sconfigge Jorge Marcos, l'uomo di Rhoemer, prima che questi uccida Girdeux. I risultati dei test mostrano che il Syphon Filter è un letale arma biologica di nuova generazione, in grado di colpire demografie specifiche. Jonathan Phagan, CEO e fondatore di PHARCOM, partecipa a un gala al suo nuovo Expo Center Museum a New York, dove viene rapito da Aramov e si scopre che Benton è una spia doppiogiochista. Gabe uccide Benton e libera Phagan, ma Aramov, catturata nuovamente, riesce ancora una volta a fuggire. Gabe si reca alla base segreta di Rhoemer a Rozova, in Kazakistan, uccidendo il comandante Vladislav Gabrek e distruggendo la base, ma Lian viene catturata e presumibilmente uccisa da Rhoemer. Gabe viene quindi inviato a infiltrarsi nella fortezza di Rhoemer a Užhorod, in Ucraina, che è una cattedrale abbandonata. Iniettando pazienti infetti con ciò che crede essere un antidoto, Gabe scende più a fondo nella cattedrale per salvare Lian, che gli spiega che non esiste un 'antidoto globale' per il virus. Trovano anche Phagan, che viene successivamente ucciso da Aramov. Quest'ultima decide di aiutare Gabe e Lian, poiché non ha più altre opzioni. Gabe infiltra quindi gli stabilimenti PHARCOM ad Almaty, in Kazakistan, dove la sicurezza PHARCOM combatte gli uomini di Rhoemer. Gabe scopre che Markinson, che aveva segretamente negoziato con Rhoemer per ottenere il Syphon Filter per l'Agenzia, aveva fatto iniettare ai pazienti cloruro di potassio. Rhoemer rivela di aver catturato un ICBM nucleare dell'era sovietica. Rhoemer spara a Markinson e avvia la sequenza di lancio del missile. Gabe non riesce a impedire il lancio, quindi l'unica speranza è attivare la sequenza di autodistruzione una volta che il missile sia in alta atmosfera. Gabe riesce a distruggere il missile. Rhoemer, furioso per l'interferenza di Logan, lo affronta in un ultimo scontro. Gabe riesce a ucciderlo e a scongiurare la Terza Guerra Mondiale. In una scena post-crediti, la figura misteriosa all'inizio del gioco tiene un campione di Syphon Filter all'interno della sede dell'Agenzia con Aramov, che ride.
