Yu-Gi-Oh! Forbidden Memories

O jogo começa no Egito Antigo, com o Príncipe Atem a esgueirar-se do palácio para encontrar os seus amigos, Jono e Teana, nos campos de duelos. Enquanto lá estão, testemunham uma cerimónia realizada pelos magos, que é mais sombria do que as cerimónias habituais. Após a cerimónia, Atem desafia um dos sacerdotes, chamado Seto, e derrota-o. Quando Atem regressa ao palácio, é rapidamente enviado para a cama por Simon Muran, seu tutor e conselheiro. Enquanto Simon se afasta, um guarda informa-o de que o sumo sacerdote Heishin invadiu o palácio, usando uma magia estranha. Muran procura Heishin. Quando o encontra, Heishin diz a Muran que descobriu o Poder Escuro e usa a Haste do Milénio para atacar Muran. Quando Heishin encontra Atem, ameaça matar o rei e a rainha do Egito se este não lhe entregar o Quebra-Cabeças do Milénio. Muran aparece atrás de Heishin e diz a Atem para destruir o quebra-cabeça. Atem obedece, e Muran sela-se a si próprio e a Atem dentro do quebra-cabeça, à espera de que alguém o reassemble. Cinco mil anos depois, Yugi Mutou reassemble o quebra-cabeça. Ele fala com Atem dentro dele, e Atem dá a Yugi seis cartas em branco. Não tendo certeza do que são para, Yugi leva-as para um Torneio de Duelos. Após derrotar um dos duelistas, uma das cartas é preenchida com um item do Milénio. Percebendo o que as cartas são para, Yugi completa o torneio e preenche todas as seis cartas com itens do Milénio. Isso permite que Atem volte ao seu tempo. Ao regressar, Muran conta a Atem o que aconteceu desde que foi selado. Heishin e os magos tomaram controle do reino com os itens do Milénio, e a única forma de libertar o reino é recuperar os itens dos magos que os guardam. Após passar esta informação, Muran morre. Após se encontrar com Jono e Teana, Atem vai ao palácio destruído e procura-o. Ele encontra Seto, que lhe dá um mapa com as localizações dos magos e dos itens do Milénio, pedindo-lhe que vença os magos. Após recuperar todos os itens do Milénio exceto um, Seto leva Atem até Heishin, que possui a Haste do Milénio. Atem derrota Heishin, mas descobre que Seto tinha a Haste do Milénio e apenas queria usar Atem para juntar os itens num só lugar. Atem desafia Seto pelos itens e derrota-o, mas após o duelo, Heishin agarra os itens e usa-os para invocar o DarkNite. Esperando usar o DarkNite para destruir seus inimigos, ele não possui o item para provar sua autoridade, e como resultado, o DarkNite transforma Heishin em uma carta. Heishin, agora transformado em um carta, é zombado por DarkNite antes de ser incinerado. Após mostrar que tinha os itens do Milénio, DarkNite desafia Atem para um duelo. Atem derrota-o, e ele se transforma em Nitemare, que desafia Atem novamente. Atem derrota-o novamente, e Nitemare volta relutantemente de onde veio. Atem então pode assumir o trono e liderar seu povo em paz.