Yu-Gi-Oh! Forbidden Memories

Il gioco inizia nell'antico Egitto, dove il principe Atem si intrufola nel palazzo per incontrare i suoi amici, Jono e Teana, nei campi di duello. Mentre sono lì, assistono a una cerimonia eseguita dai maghi, più oscura del solito. Dopo la cerimonia, Atem duella contro uno dei sacerdoti, Seto, e lo sconfigge. Al suo ritorno al palazzo, viene subito mandato a letto da Simon Muran, il suo tutore e consigliere. Mentre Muran si allontana, un guardiano gli comunica che il sommo sacerdote Heishin ha invaso il palazzo usando una magia straniera. Muran cerca Heishin e, quando lo trova, questi gli rivela di aver trovato il Dark Power, poi usa il Millennium Rod per colpirlo. Quando Heishin trova Atem, minaccia di uccidere il re e la regina d'Egitto se non gli consegna l'Enigma del Millennio. Muran compare alle spalle di Heishin e ordina ad Atem di distruggere l'enigma. Atem obbedisce, e Muran sigilla sé stesso e Atem all'interno dell'enigma, in attesa che qualcuno lo ricomponga. Cinque millenni dopo, Yugi Mutou ricompone l'enigma. Parla con Atem, che gli consegna sei carte bianche. Non sapendo a cosa servano, Yugi le porta con sé in un Dueling Tournament. Dopo aver sconfitto uno dei duellanti, una delle carte si riempie di un oggetto Millennium. Capendo il loro scopo, Yugi completa il torneo e riempie tutte e sei le carte con oggetti Millennium, permettendo ad Atem di tornare nel suo tempo. Una volta tornato, Muran gli spiega cosa è successo durante la sua prigionia: Heishin e i maghi hanno preso il controllo del regno grazie agli oggetti Millennium, e l'unica via per liberarlo è recuperarli dai maghi che li custodiscono. Dopo avergli riferito tutto, Muran muore. Atem raggiunge Jono e Teana, poi si reca al palazzo distrutto e lo esplora. Trova Seto, che gli consegna una mappa con le ubicazioni dei maghi e degli oggetti Millennium, chiedendogli di sconfiggere i maghi. Dopo aver recuperato tutti gli oggetti tranne uno, Seto lo porta da Heishin, che detiene il Millennium Rod. Atem sconfigge Heishin, ma scopre che Seto ha il bastone e voleva solo usare Atem per radunare tutti gli oggetti in un unico luogo. Atem duella con Seto per gli oggetti e lo sconfigge, ma dopo il duello Heishin afferra gli oggetti e li usa per evocare DarkNite. Sperando di usarlo per distruggere i suoi nemici, Heishin non ha l'oggetto per dimostrare la sua autorità, e così DarkNite lo trasforma in una carta. Ora diventato una carta da gioco, DarkNite deride Heishin prima di incenerirlo. Dopo che Atem dimostra di avere gli oggetti Millennium, DarkNite lo sfida a un duello. Atem lo sconfigge, e questi si trasforma in Nitemare, che sfida nuovamente Atem. Atem lo sconfigge di nuovo, e Nitemare torna malvolentieri da dove è venuto. Infine, Atem può salire al trono e guidare il suo popolo in pace.