Yu-Gi-Oh! Forbidden Memories

Het spel begint in het oude Egypte, waar prins Atem zich uit het paleis smokkelt om zijn vrienden Jono en Teana te ontmoeten op de duelterreinen. Daar zien ze een ceremonie van de tovenaars, die donkerder is dan normaal. Na de ceremonie duelt Atem met een van de priesters, genaamd Seto, en verslaat hem. Toen Atem terugkeert naar het paleis, wordt hij snel naar bed gestuurd door Simon Muran, zijn tutor en adviseur. Terwijl Muran weggaat, vertelt een wacht hem dat de hogepriester Heishin het paleis is binnengevallen met een vreemde magie. Muran zoekt naar Heishin. Wanneer hij hem vindt, vertelt Heishin Muran dat hij het Dark Power heeft gevonden en gebruikt de Millennium Rod om Muran te vernietigen. Heishin dreigt de Egyptische koning en koningin te doden als Atem het Millennium Puzzle niet overhandigt. Muran verschijnt achter Heishin en zegt tegen Atem om het puzzel te vernietigen. Atem gehoorzaamt, en Muran sluit zichzelf en Atem op in het puzzel, om te wachten tot iemand het weer in elkaar zet. Vijfduizend jaar later herstelt Yugi Mutou het puzzel. Hij praat met Atem in het puzzel, en Atem geeft Yugi zes lege kaarten. Yugi weet niet wat ze zijn, maar neemt ze mee naar een Dueling Tournament. Na het verslaan van een van de duelisten, wordt een van de kaarten gevuld met een Millennium item. Yugi begrijpt wat de kaarten zijn en voltooit het toernooi, waarbij hij alle zes de kaarten vult met Millennium items. Dit stelt Atem in staat terug te keren naar zijn tijd. Eenmaal terug, vertelt Muran Atem wat er is gebeurd sinds hij werd opgesloten. Heishin en de tovenaars hebben de controle overgenomen over het koninkrijk met de Millennium items, en de enige manier om het koninkrijk te bevrijden is om de items te heroveren van de tovenaars die ze bewaken. Na dit bericht sterft Muran. Nadat Atem Jono en Teana heeft ingelopen, gaat hij naar het verwoeste paleis en doorzoekt het. Hij vindt Seto, die hem een kaart geeft met de locaties van de tovenaars en de Millennium items, en vraagt hem om de tovenaars te verslaan. Na het heroveren van alle Millennium items behalve één, leidt Seto Atem naar Heishin, die de Millennium Rod in zijn bezit heeft. Atem verslaat Heishin, maar ontdekt dat Seto de Millennium Rod heeft en alleen Atem wilde gebruiken om de items bijeen te brengen. Atem duelt met Seto om de items en verslaat hem, maar na de duel grijpt Heishin de items en gebruikt ze om DarkNite te beschoren. Hopend zijn vijanden te vernietigen, mist hij het item om zijn autoriteit te bewijzen, en als gevolg daarvan verandert DarkNite Heishin in een kaart. Heishin, nu een speelkaart, spot hem voordat DarkNite de kaart vernietigt. Toen Atem aantoont dat hij de Millennium Items had, daagt DarkNite hem uit voor een duel. Atem verslaat hem, en hij verandert in Nitemare, die Atem opnieuw uitdaagt. Atem verslaat hem opnieuw, en Nitemare keert onwillig terug waar hij vandaan kwam. Atem kan vervolgens de troon bestijgen en zijn volk in vrede leiden.