Yu-Gi-Oh! Forbidden Memories

El juego comienza en el antiguo Egipto, donde el príncipe Atem se escabulle del palacio para visitar a sus amigos, Jono y Teana, en las canchas de duelos. Allí, presencian una ceremonia realizada por los magos, que es más oscura de lo habitual. Tras la ceremonia, Atem se enfrenta en un duelo al sacerdote Seto y lo derrota. Al regresar al palacio, Atem es enviado rápidamente a la cama por Simon Muran, su tutor y asesor. Mientras Muran se aleja, un guardia le informa que el sumo sacerdote Heishin ha invadido el palacio, usando una magia extraña. Muran busca a Heishin. Cuando lo encuentra, Heishin le dice a Muran que ha hallado el Poder Oscuro, y luego usa el Bastón del Milenio para atacar a Muran. Cuando Heishin encuentra a Atem, amenaza con matar al rey y a la reina de Egipto si no le entrega el Rompecabezas del Milenio. Muran aparece detrás de Heishin y le ordena a Atem que destruya el rompecabezas. Atem obedece, y Muran los sella a ambos dentro del rompecabezas, esperando a que alguien lo vuelva a armar. Cinco mil años después, Yugi Mutou reensambla el rompecabezas. Habla con Atem dentro de él, y Atem le entrega a Yugi seis cartas en blanco. Sin saber para qué son, Yugi las lleva a un Torneo de Duelos. Tras vencer a uno de los duelistas, una de las cartas se llena con un objeto del Milenio. Al darse cuenta de qué son las cartas, Yugi completa el torneo y llena las seis cartas con objetos del Milenio. Esto permite que Atem regrese a su época. Al llegar, Muran le cuenta a Atem lo ocurrido mientras estuvo sellado. Heishin y los magos han tomado el control del reino con los objetos del Milenio, y la única forma de liberarlo es recuperar los objetos de los magos que los custodia. Tras transmitirle esto, Muran muere. Después de reunirse con Jono y Teana, Atem va al palacio destruido y lo explora. Encuentra a Seto, quien le entrega un mapa con las ubicaciones de los magos y los objetos del Milenio, y le pide que los venza. Tras recuperar Atem todos los objetos del Milenio excepto uno, Seto lo lleva ante Heishin, quien posee el Bastón del Milenio. Atem derrota a Heishin, pero descubre que Seto tiene el bastón y solo quería usar a Atem para reunir los objetos en un solo lugar. Atem se enfrenta a Seto por los objetos y lo vence, pero tras el duelo, Heishin recupera los objetos y los usa para invocar a DarkNite. Esperando usar a DarkNite para destruir a sus enemigos, no tiene el objeto para probar su autoridad, y como resultado, DarkNite transforma a Heishin en una carta. Heishin, ahora convertido en una carta de juego, se burla antes de ser incinerado. Tras demostrar Atem que tiene los objetos del Milenio, DarkNite lo desafía a un duelo. Atem lo vence, y este se transforma en Nitemare, quien desafía nuevamente a Atem. Atem lo vence de nuevo, y Nitemare regresa a regañadientes de donde vino. Atem logra entonces tomar el trono y liderar a su pueblo en paz.