Yu-Gi-Oh! Forbidden Memories

Spelet börjar i det antika Egypten, där prins Atem smyger sig ut från palatset för att träffa sina vänner Jono och Teana på duellplatsen. Där vittnar de om en ceremoni som utförs av magerna, en ceremoni som är mörkare än de vanliga. Efter ceremonin utmanar Atem en av prästerna, vid namn Seto, till en duel och besegrar honom. När Atem återvänder till palatset skickas han snabbt till sängs av Simon Muran, hans lärare och rådgivare. När Muran går bort informeras han av en vakt att översteprästen Heishin har invaderat palatset med en konstig magi. Muran letar efter Heishin. När han hittar honom berättar Heishin att han har funnit den mörka kraften och använder Millennium-staven för att slå Muran. När Heishin hittar Atem hotar han att döda den egyptiska kungen och drottningen om han inte överlämnar Millennium-puzzlet. Muran dyker upp bakom Heishin och ber Atem att krossa puzzlet. Atem lyder, och Muran förseglas tillsammans med Atem inuti puzzlet för att vänta på att någon ska återmontera det. Fem tusen år senare återmonterar Yugi Mutou puzzlet. Han talar med Atem i puzzlet, och Atem ger Yugi sex tomma kort. Osäker på vad de är till för, tar han med sig dem till en Dueling Tournament. Efter att han besegrat en av duelisterna fylls ett av korten med en Millennium-egenhet. När Yugi förstår vad korten är till för, fullföljer han turneringen och fyller alla sex korten med Millennium-egenheter. Detta gör det möjligt för Atem att återvända till sin tid. När han är tillbaka berättar Muran för Atem vad som har hänt sedan han förseglades. Heishin och magerna har tagit kontroll över riket med Millennium-egenheterna, och den enda vägen att befria riket är att återfå egenheterna från magerna som bevakar dem. Efter att ha förmedlat detta dör Muran. Efter att han har träffat Jono och Teana igen, går han till det förstörda palatset och letar där. Han hittar Seto, som ger honom en karta med magernas och Millennium-egenheternas platser, och ber honom besegra magerna. Efter att Atem har återfått alla Millennium-egenheter utom en, leder Seto honom till Heishin, som har Millennium-staven. Atem besegrar Heishin, men upptäcker att Seto har staven och bara ville använda Atem för att samla egenheterna på ett ställe. Atem utmanar Seto till en duel för egenheterna och besegrar honom, men efter duellen griper Heishin tag i egenheterna och använder dem för att kalla fram DarkNite. Hoppfull att använda DarkNite för att förstöra sina fiender, saknar han dock föremålet för att bevisa sin auktoritet, och som ett resultat förvandlas Heishin till ett kort. Heishin, nu förvandlad till ett spelkort, DarkNite, hånar Heishin innan han förintar kortet. Efter att Atem visat att han hade Millennium-egenheterna utmanar DarkNite honom till en duel. Atem besegrar honom, och han förvandlas till Nitemare, som utmanar Atem igen. Atem besegrar honom igen, och Nitemare återvänder motvilligt till var han kom ifrån. Atem kan då ta tronen och leda sitt folk i fred.