Teenage Mutant Ninja Turtles (2003)

A jogabilidade principal adapta-se livremente dos seguintes episódios da primeira temporada: «Things Change», «A Better Mouse Trap», «Attack of the Mouser’s», «Meet Casey Jones», «Nano», «Darkness on the Edge of Town», «The Way of Invisibility», «Notes From the Underground» (Partes 1-3) e «Return to New York» (Partes 1-3), bem como um nível que não é baseado na série animada. Após um grupo de robôs caçadores de ratos destruir o antigo lar das tartarugas, elas começam a procurar um novo lar. Michelangelo acaba por irritar Raphael a ponto de este sair para a superfície. Lá, é confrontado por matulões do Purple Dragon, Casey Jones e Dragonface. Baxter Stockman usa então ninjas invisíveis com tecnologia de pés para capturar Raphael, e Donatello é forçado a resgatá-lo. Enquanto isso, Raphael e Michelangelo lutam por diversão, Donatello analisa um cristal estranho que encontrou em casa, notando que eles se assemelham a células cerebrais mutadas. Raphael chuta Michelangelo contra uma parede, revelando um grande túnel atrás dela. O cristal de Donatello começa a brilhar, e as tartarugas decidem investigar. Seguem o túnel e são confrontadas por humanos geneticamente modificados. Após algumas escaramuças com esses mutantes, as tartarugas descobrem que eles foram transformados no seu estado atual por experimentos científicos passados dos cientistas do Shredder. Os cristais que Donatello encontrou são a única coisa que mantém os mutantes vivos, e eles não podem deixar o seu lar subterrâneo por causa disso. Eles imploram às tartarugas que derrotem o Shredder, para que mais humanos não sofram como eles. As tartarugas decidem derrotar o Shredder de uma vez por todas e prometem aos mutantes que voltarão por eles se algum dia encontrarem uma maneira de reverter a sua condição.