Teenage Mutant Ninja Turtles (2003)

Spelets huvudspelet är löst baserat på följande avsnitt från säsong ett: «Things Change», «A Better Mouse Trap», «Attack of the Mouser’s», «Meet Casey Jones», «Nano», «Darkness on the Edge of Town», «The Way of Invisibility», «Notes From the Underground» (Del 1-3) och «Return to New York» (Del 1-3), samt ett nivå som inte är inspirerat av den animerade serien. Efter att en grupp musjägande robotar förstört sköldpaddornas gamla hem börjar de leta efter ett nytt. Michelangelo börjar irriterar Raphael, vilket får Raphael att lämna till ytan. Där möter han gängmedlemmar från Purple Dragon, Casey Jones och Dragonface. Baxter Stockman använder osynliga ninjor för att fånga Raphael, och Donatello tvingas rädda honom. Medan Raphael och Michelangelo slåss för skojs skull analyserar Donatello en konstig kristall han hittat i deras hem, notera att den liknar muterade hjärnceller. Raphael sparkar Michelangelo i en vägg, vilket avslöjar en stor tunnel bakom. Donatellos kristall börjar lysa, och sköldpaddorna bestämmer sig för att undersöka. De följer tunneln och möter genetiskt modifierade människor. Efter några skärmytslingar med dessa mutanter upptäcker sköldpaddorna att de har blivit förvandlade till sin nuvarande form genom tidigare experiment av Shredders vetenskapsmän. Kristallerna Donatello hittade är det enda som håller mutanterna vid liv, och de kan inte lämna sitt underjordiska hem som ett resultat. De ber sköldpaddorna att besegra Shredder, så att inga fler människor kommer att lida som de har. Sköldpaddorna bestämmer sig för att besegra Shredder en gång för alla och lovar mutanterna att de kommer tillbaka för dem om de någonsin hittar ett sätt att återställa deras tillstånd.