Teenage Mutant Ninja Turtles (2003)

Het hoofdspel baseert zich losjes op de volgende afleveringen uit het eerste seizoen: "Things Change", "A Better Mouse Trap", "Attack of the Mouser"s, "Meet Casey Jones", "Nano", "Darkness on the Edge of Town", "The Way of Invisibility", "Notes From the Underground" (delen 1-3) en "Return to New York" (delen 1-3), evenals een level dat niet is afgeleid van de animatieserie. Kort nadat een groep muizenrobots het oude nest van de schildpadden vernietigt, beginnen ze op zoek te gaan naar een nieuw thuis. Michelangelo begint uiteindelijk Raphael op de zenuwen te werken, waardoor Raphael naar het oppervlak vertrekt. Daar wordt hij geconfronteerd met Purple Dragon-gangsters, Casey Jones en Dragonface. Baxter Stockman gebruikt vervolgens onzichtbare voettechnologie-ninja's om Raphael te gevangen te nemen, en Donatello is genoodzaakt hem te redden. Terwijl Raphael en Michelangelo voor de lol vechten, analyseert Donatello een vreemde kristal die hij in hun nest vond, en merkt op dat ze lijken op gemuteerde hersencellen. Raphael trapt Michelangelo tegen een muur, waardoor een grote tunnel achter de muur onthuld wordt. Donatello's kristallen beginnen te gloeien, en de schildpadden besluiten het te onderzoeken. Ze volgen de tunnel en worden geconfronteerd met genetisch gemuteerde mensen. Na een paar schermutselingen met deze mutanten ontdekken de schildpadden dat deze mutanten in hun huidige toestand zijn veranderd door eerdere experimenten van Shredders wetenschappers. De kristallen die Donatello vond zijn het enige wat deze mutanten in leven houdt, en ze kunnen hun ondergrondse nest niet verlaten als gevolg daarvan. Ze smeken de schildpadden om Shredder te verslaan, zodat geen mensen meer zullen lijden zoals zij. De schildpadden besluiten Shredder definitief te verslaan en beloven de mutanten dat ze terug zullen komen als ze ooit een manier vinden om hun toestand om te keren.