Black Mesa

A trama de Black Mesa é quase idêntica à história original do Half-Life, jogável através do capítulo "Lambda Core". Como no jogo original, o jogador controla Gordon Freeman, um cientista que trabalha no Black Mesa Research Facility. Ele é encarregado de colocar uma amostra de um material estranho num instrumento eletromagnético, usando o traje de proteção Hazardous Environment Suit Mark IV para o fazer de forma segura. No entanto, a amostra do material causa um "efeito de ressonância em cadeia", devastando a instalação e criando uma falha interdimensional para uma dimensão alienígena chamada Xen, trazendo suas criaturas para a Terra. Freeman sobrevive, encontra outros sobreviventes e dirige-se à superfície com a proteção do seu traje de perigo para pedir ajuda. Ao chegar à superfície, porém, descobre que a instalação está sendo limpa de qualquer forma de vida – humana ou alienígena – por forças armadas. De outros cientistas, Freeman descobre que a única forma de parar a invasão alienígena é atravessar para Xen e destruir a entidade que mantém o portal aberto.